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大多数心房扑动和心房纤颤(颤动)主要发生于器质性心脏病的病人，多见于风湿性心脏病，二尖瓣狭窄和冠心病。有时见于甲状腺机能亢进。亦可见于慢性缩窄性心包炎、心肌病、预激综合征及洋地黄中毒等。只有很少数心房纤颤(约占5%)找不到任何原因，称为孤立性心房纤颤，偶见于正常人。心房扑动远较心房纤颤少见，大部分为阵发性。
心房纤颤合并室内差异性传导时，常为洋地黄用量不足的表现。而心房纤颤合并房室阻滞，往往提示洋地黄过量。这在临床上，需要区分开来。
心房扑动及颤动的产生机理有二种学说：
(1)环行运动学说：认为心肌内有一处发生局部传导阻滞，激动到达时不能在此处通过，而只能沿着对面一个方向前进。当激动绕过一周回到原处时，该处及其前面的心肌已恢复了应激性，因而能让激动继续前进，循环不已。建立环行运动必须具备：①局部传导阻滞；②心肌的传导能力降低；③心肌不应期缩短，否则环行运动即行终止。实际上环行运动可以看作是一种折返运动。
(2)单点激动学说：认为房性阵发性心动过速、心房扑动及心房纤颤的发生都是由于心房内异位起搏点以较高的频率发出一系列激动所引起。由于频率的不同而产生了三种类型的房性异位心律。