共享国际生物医学数据

生物医学是当前全球科技发展的重要领域，虽然该领域积累了海量数据，但是大部分数据资源仍分散在不同国家、研究单位和科学家手中。由于缺乏权威性数据管理组织和统一的标准规范，至今重复性研究仍十分普遍。3月29日～31日，以“国际生物医学数据共享战略研讨”为主题的第298次香山科学会议在北京举行，60位中外科学家围绕国际生物医学数据共享标准、共享策略与机制等议题展开了研讨交流。

  

国家医药卫生科学数据共享工程初具规模

  

会议执行主席、中国医学科学院教授刘德培作了题为《国际生物医学数据共享战略研讨》的主题评述报告。据刘德培介绍，“国家医药卫生科学数据共享工程”是中国科技基础条件平台建设中科学数据共享工程的重大项目，项目由中国医学科学院、中国疾病预防控制中心、中国人民解放军总医院、中国中医科学院、国家食品药品监督管理局信息中心等6个国家级科研院所共同承担。项目于2004年4月正式启动，经过近3年的建设，已经初具规模。

  

刘德培说，医药卫生科学数据共享工程的基本建设框架包括了1个网、6个数据中心、40个左右的主体数据库和300个左右的数据库（数据集系列），在这个框架中包含了多种不同层次的数据整合与资源组织方式。其中包括，医药卫生科学数据共享网、科学数据中心、主体数据库、主题数据库等。建设的总体目标是，建设一个物理上合理分布、层次分明，逻辑上高度统一、充分共享的医药卫生科学数据管理与共享服务系统，为政府卫生决策、医学科技创新、医疗保健、医学人才培养、全民健康和企业发展提供数据资源和信息服务，该项目的特点是基础与临床结合、预防与治疗结合、中西医结合、医学与药学结合、军民结合。

  

刘德培说，国家医药卫生科学数据共享工程项目，目前已经建立起的医药卫生科学数据共享网（http://www.ncmi.cn）和基础医学、临床医学、公共卫生、中医药学等多个专业数据中心，为开展国际生物医学数据共享与交流奠定了基础。

  

会议执行主席、医药卫生科学数据共享工作组组长尹岭教授认为，中国医药卫生数据共享工作之所以受到国内外学者重视，主要是在国家层面上进行了医药卫生领域数据资源规划、需求分析和顶层设计，建立起跨学科跨部门的医药卫生科学数据共享的标准、规范和共享网。这项工作刚刚迈出第一步，今后需要整合大量数据资源，包括引进国外数据共享先进技术和外国数据资源的本地化改造，通过数据加工建立起国家级精品数据库，为政府卫生决策、科学研究和疾病防治提供权威性数据共享和信息服务。

  

生物信息学数据共享亟待提速

  

上海生物信息技术研究中心李亦学研究员介绍了我国生物信息学技术平台及其数据共享支持体系建设方面的情况。李亦学说，“九五”、“十五”和“十一五”期间，在国家“863”计划、“973”计划、国家自然科学基金重大项目以及自筹资金支持下，我国投入数十亿元人民币积极介入了大量国际合作、国内合作的高通量生命科学数据获取计划，如人类基因组研究计划、水稻基因组研究计划等等，数据规模已经高达100TB。此外，自上世纪末以来，国内研究机构已经分别建立了近百个各具特色的生物学数据库，数据量达到和超过2TB。这些数据的质量是可靠的，但是相当大的部分需要进一步加工、清理和管理，以提高使用的共享性、可靠性和使用效率。

  

人类基因组南方研究中心研究员赵国屏介绍说，上海市政府于2003年12月启动了上海科学数据共享系统的建设，通过两年来的努力，上海已有一大批科学数据纳入到上海研发公共服务平台为用户提供共享服务，涵盖基因组、蛋白质组等百余个数据库、二级数据库和数据集，现在总共有超过195个科学数据库提供在线的检索服务，还有50多个数据库建设项目正在实施中。在国际镜像资源建设方面，目前国内几个大的单位的生物信息中心都分别建立了美国国家生物技术信息中心（NCBI）、生物学和医学文献数据库PubMed的镜像和数据备份，总数量已达4TB以上。这些镜像数据库的建立，极大地普及了国际公共数据库在中国的使用率，为我国生物学研究、生物技术研发和临床医学应用研究的发展作出了重要的贡献。

  

国际合作应该上升到国家层面

  

2006年10月在首次中美科技合作圆桌会议上，美国代表介绍了生物医学领域科学研究和数据共享的政策法规和共享应用情况，美国科学家在基因Bank和医学影像等数据资源的建设与交流方面取得了显著成绩，为全球范围的医学数据共享作出了突出的成绩和贡献。

  

会议执行主席、美国国家科学院教授Paul  F.Uhlir介绍了美国科学数据共享的进展，提出加强生物医学领域数据共享国际合作，建议建立政府—政府、研究所—研究所和个人—个人不同层次的合作模式。会议执行主席、来自美国国立卫生研究院（NIH）的  Belinda  Seto教授介绍了美国NIH数据共享政策和运行机制，NIH神经影像数据库建设的整体框架。

  

尹岭认为，开展生物医学领域国际合作的重点不能停留在个人或研究机构之间的合作，应该上升到国家层面。建议开展国际生物医学数据资源调查和需求分析，了解国际上有哪些生物医学权威性数据库，中国需要引进哪些数据资源，共享方式和途径是什么。制定国际合作游戏规则，注意维护国家利益和知识产权保护。

  

中国神经信息学联络负责人李光教授介绍了全球人类脑计划与神经信息学的进展。人类脑计划是继人类基因组计划之后，又一国际性大科学计划，人类脑计划包括神经科学和信息学相互结合的研究，其核心内容是神经信息学。1997年人类脑计划在美国正式启动，美国20余家著名的大学和研究所参加了这个研究计划。目前人类脑计划正在向着全球发展，世界许多国家已将脑的研究作为重点资助领域，其目标是建立一个有关神经系统所有知识的全球管理系统和网络协同研究环境，使得科学家们能够灵活有效地管理有关脑的实验数据和研究结果，最大限度地利用这些实验数据和结果，共享国际神经信息学资源，减少不必要的重复性研究和人力物力的浪费。

  

在科技部“973”计划国际合作重大项目的资助下，中国神经信息学工作组进行了BRAIN  BANK数据库建设的需求分析、元数据标准和数据集制作标准的研究；根据国际神经信息学网络建设的基本框架和中国神经信息学现有数据资源，创建了国际神经信息学网络中国节点——BRAIN  BANK。“十一五”期间，我国科学家将继续完善国际神经信息学网络中国节点建设，推动神经信息学的资源共享与信息服务。

  

让生物医学成果惠及全人类

  

与会中外科学家认为，实现国际生物医学数据共享首先要进行国际生物医学数据共享需求分析和资源规划。在全球范围内开展生物医学数据共享的需求分析，充分了解发达国家与发展中国家、城市与农村等对该领域数据资源的特殊需求，为制定生物医学数据资源规划和行动计划提供依据；通过在世界范围内开展生物医学数据资源调查，掌握生物医学领域各专业、各学科和各研究方向的数据资源分布、存储和共享服务现状，为开展国际生物医学数据资源整合作好前期准备。以需求为导向，分期分批对各领域数据资源进行整合、数据加工，制作出用户所需的系列数据集产品，使已有的科研成果尽快应用于基础研究、临床诊疗、疾病预防和健康产业，提高人民健康水平。

  

二要开展国际生物医学数据共享的标准与规范研究，建议组织各国专家研究有关该领域数据共享的相关国际标准、国家标准、区域标准、行业标准和工程标准，以起草国际生物医学数据共享的标准和规范。

  

三要建立国际生物医学数据管理和共享服务机制，各国政府通过设立专项资金，用于本国生物医学数据资源的整合、数据库的建设和共享节点的建设，对国际生物医学数据资源本地化改造，为本国政府、医疗卫生机构和百姓提供数据共享服务。加强国际生物医学数据共享人才队伍建设，吸引包括生物、医学、计算机、信息学等领域专家积极参与国际生物医学数据资源整合、数据加工和共享服务，提供具有区域特征的数据资源，让生物医学研究成果惠及全人类健康。