生物工程又称生物技术，是20世纪70年代初开始兴起的一门新兴的综合性应用学科。通俗地讲就是以生物学(特别是其中的
微生物学、
遗传学、生物化学和细胞学)的理论和技术为基础，结合化工、机械、电子机算机等现代工程技术，充分运用分子生物学的最新成就，自觉地操纵遗传物质，定向地改造生物或其功能，短期内创造出具有超远缘性状的新物种，再通过合适的生物反应器对这类“工程菌”或“工程细胞株”进行大规模的培养，以生产大量有用代谢产物或发挥它们独特生理功能一门新兴技术。
生物工程促进生物农药的发展
生物工程技术为生物农药的发展注入了新的活力。如转Ｂ.t.病毒(Ｂ.t.毒素基因在昆虫病毒中表达)、转基因捕食螨(Metaseiulus occidentalis)、转Ｂ.t.基因棉、转Ｂ.t.玉米、转Ｂ.t.马铃薯、转Cpt I烟草(水稻/马铃薯/草莓)、转PI一II烟草、转NaPI水稻(烟草)、转SKTI马铃薯、转OC-I白杨、转P-Lec烟草、转GNA马铃薯(烟草/水稻)、转基因耐贮藏番茄、转查尔酮合成酶基因矮牵牛、抗病毒甜椒、抗病毒番茄、抗烟草花叶病毒和黄瓜花叶病毒的转基因烟草、抗矮缩病毒水稻等。
细胞工程学使药源植物如印楝、鱼藤等的细胞离体培养取得突破;生物技术如酶联免疫分析技术用来检测有机化学农药的残留，反过来又促进生物农药的发展;抗除草剂的农作物品种的推广，使除草剂的用量大幅度提高，如由于耐农达除草剂的转基因作物的推广应用使得农达使用量最近5年在全球以每年20%的速度递增。
转基因抗虫、抗病作物对传统农药造成冲击
抗虫作物的出现使杀虫剂的生产和销售有所下降，害虫种类的演替也导致农药品种发生变化。杀菌剂总体变化不大，但部分品种也受到影响，呈下降趋势。有人估计:到2005年，转基因作物在农药市场中所占份额将达到15%-20%，约60亿美元，全球1999年种植面积达到880万hm2。以转基因抗虫棉为例，美国1998年已推广棉花播种面积40%，我国也有200万亩，安徽省1999年就达40万亩。以棉铃虫防治减少一半用药计，其效益也相当可观。
转基因作物面临的问题
转基因作物通过5年多的推广，所面临的问题也日益暴露出来。主要表现在:（1）对人类和环境的安全性；（2）抗性风险（(a)室内用转基因棉花叶片饲养棉铃虫6-12代，抗性指数从1.5倍增到4.4倍；(b)一般预测转基因作物的使用寿命为8-10年；(c)超级抗性生物的出现；(d)抗性基因的漂移等）（3）防治上的局限性:如转Ｂ.t.基因棉，防治棉铃虫的效果随其代数而降低，第1代不须用药，但第3和4代每100株仍有20－40头3-4龄幼虫，每代仍须喷药3-4次；（4）昆虫群落的演替（(a)次要害虫上升为主要害虫:转基因棉株体内单宁、酚类化合物分别降低22%和24%，导致棉蚜、棉红蜘蛛、棉粉虱、棉蓟马、棉盲蝽等害虫的数量急剧上升；(b)天敌种群数量呈下降趋势:如棉田龟纹瓢虫及寄生蜂下降约20%－90%）
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