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生物信息学:其它物种为人类生物学服务

来源:生物探索
摘要:SIB瑞士生物信息研究所和EMBL欧洲生物信息研究所的研究人员声称,对人类和其它生物共有基因的研究是非常有用的。这一研究表明生物信息学有望探索出生命科学依托的根本原则,并发表在5月17日PLoSComputationalBiology期刊上。对模式物种基因的研究在整个生物学领域提供了宝贵的认识通过对基因的研究,生命科学研究人员理解......

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SIB瑞士生物信息研究所和EMBL欧洲生物信息研究所的研究人员声称,对人类和其它生物共有基因的研究是非常有用的。这一研究表明生物信息学有望探索出生命科学依托的根本原则,并发表在5月17日PLoS  Computational Biology 期刊上。

对模式物种基因的研究在整个生物学领域提供了宝贵的认识

通过对基因的研究,生命科学研究人员理解机体如何运转以及疾病如何形成。长期以来,科学家们研究模式生物以理解人体生物学,例如小鼠,这是“同源猜想”的基础:我们从一些物种中获取知识,然后应用到更多的物种上。

同源猜想

了解同源概念,让我们认识一下犬齿。我们可从狼的犬齿学习更多以加深对对人类犬齿和臼齿的认识,可能这一回答不太直接。遗传学上,科学家解决这类问题:最好比较来自同一祖先的人类和小鼠的基因(称为“同源性”),或者比较人类的不完整基因拷贝(“旁系”)。

同源性推测

40年来,科学家从事相当奏效的同源性策略。对模式物种基因的研究在整个生物学领域提供了宝贵的认识,但是截止到现在,缺乏足够的数据以权威性回答这个问题。随着生物技术的进步,每天产生的大量数据最终能解决这一争议。

通过先进的计算技术,研究人员从大量科学论文的数据中分析13个物种的40万对基因(同源和旁系)。研究人员比较了2种方法,并选择1个较好的。

洛桑大学Marc Robinson-Rechavi 教授称:“我们的数据证明,同源性的研究确实有用,但这只是个开始,它处于比较基因组学的中心位置,我们可从少数生物体中推断一些知识,然后将其应用到所用生命体中。”

EMBL欧洲生物信息研究所Christophe Dessimoz称:“我们发现,目前的实验注释支持这一标准模型,此外,我们将致力于证实这一假设——研究其它物种的基因可阐明人类生物学的各个方面,如小鼠、酵母和细菌。”

美国印第安纳大学Matthew Hahn及其同事最近解决同样的问题——不同的结论引起一些争议。对基因功能的认识偏差引起这些争议,通过控制该因素,新研究明确支持同源猜想,以及人类的远缘性物种(甚至蠕虫、苍蝇、酵母菌或细菌)是相关、有用的。

欧洲生命科学数据基础设施大力支持信息的公开性,所用的研究数据将免费公开,包括基因组序列和实验知识。ELIXIR将巩固这一传统,并在欧洲和世界范围内打造下一代生物信息基础设施。

作者: 2012-5-21
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