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来自美国和孟加拉的研究人员近日利用全基因组测序，发现了霍乱弧菌（Vibrio cholerae）分离株中存在的遗传变异。这些霍乱弧菌是在海地霍乱爆发时采集的。这篇题为“Genomic diversity of 2010 Haitian cholera outbreak strains”的论文发表于6月18日的《PNAS》在线版上。
在2010年1月份海地发生地震之后，海地北部安迪伯尼特省沿海地区在10月份爆发了霍乱。截至去年12月份，海地政府报告了52万多个病例。迄今为止，海地霍乱疫情已造成近7000人死亡，被认为是现代历史上一个国家所遭受最为严重的霍乱疫情。
在这项研究中，研究小组对采集自海地霍乱患者的76个霍乱弧菌分离株进行了测序。通过这些基因组的互相比较以及与8个霍乱弧菌参考菌株的比较，研究人员能够发现海地分离株与其他地方菌株之间的相互关系。
他们的系统发育分析也强调，在相当短的时间内采集的分离株存在丰富的遗传多样性。实际上，考虑到他们发现的多样性程度，研究人员认为，需要更加全面的霍乱弧菌序列数据库，以便在未来预防和追踪霍乱。
通讯作者Rita Colwell及其同事认为：“在霍乱疫情的早期（三周内），群体中已累积了大量的基因组多样性，非常快。”Colwell是美国马里兰大学的研究人员，也是马里兰病原体检测软件公司CosmosID的创始人。
随后的序列分型和系统发育研究也在霍乱弧菌中发现了一些遗传学线索，它们导致疫情爆发，但最初爆发菌株的来源仍是个有争议的问题，一些人认为它来自海地地震后的尼泊尔维和部队，而另一些人则认为可能来自南亚。
作者指出，尽管以前报告中的分子和基因组数据已经被解读为霍乱弧菌是由外来访客引入的，但目前仍未作出明确的来源归属声明。
研究小组单独使用Illumina的全基因组测序或结合使用罗氏454测序，对分离自泰国、孟加拉及其他地方的8个参考菌株以及海地疫情爆发时的76个分离株进行了测序。后者包含了从霍乱弧菌O1血清型分离的47个菌株，以及从非O1/O139血清型分离的27个菌株。O1血清型与其他霍乱疫情相关。
当研究人员比较了最近测序的数据和27个公开发布的霍乱弧菌基因组序列时，他们发现了海地分离株中存在的遗传多样性程度。他们还发现了一些线索，表明海地O1菌株与来自津巴布韦、赞比亚、泰国和孟加拉的所谓“El Tor”菌株有着共同的遗传学特征。
同时，系统发育分析表明，几乎所有非O1/O139血清型与一些过去发现的O1血清型紧密成簇，提示这些菌株与另一个霍乱弧菌谱系的菌株共享一个遗传骨架。（生物通 薄荷）