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来自加州大学圣地亚哥分校、圣克鲁斯分校和武汉大学的研究人员，近日在新研究中通过全基因组分析揭示了SR蛋白在调控RNA剪接中的广泛协同和竞争作用。相关论文“Genome-wide Analysis Reveals SR Protein Cooperation and Competition in Regulated Splicing”发表在《细胞分子》（Molecular Cell）杂志上。
来自加州大学圣地亚哥分校细胞和分子医学系的傅向东（Xiang-Dong Fu）教授和圣克鲁斯分校的Manuel Ares博士为这篇论文的共同通讯作者。傅向东教授是著名的美籍华人科学家，其早年毕业于武汉大学病毒学系，也是武汉大学聘请的第一位讲座教授。在分子生物学，生物化学等领域有较深造诣，在生命科学界傅向东因发现SR家族的剪接因子和一个新的激酶家族而为众人瞩目。在国际学术期刊发表论文100多篇，其中10多篇论文发表在Nature 、Science、Cell三大顶级期刊上。
近年来广泛的基因组测序揭示，在不同的基因组中蛋白质编码基因数量相似且相对有限，从而促使研究人员更深入地思考生物体多样性产生的机制。选择性剪接是一种广泛存在于高等真核生物基因组中的现象，被认为是提高蛋白质组复杂性的一种重要机制，其为调控不同细胞类型和发育过程中的基因表达提供了另一个层面。SR剪接因子蛋白家族和SR蛋白特异性激酶是在剪切调控中起着重要作用的一些因子。
SR蛋白家族成员都具有一个富含丝氨酸/精氨酸(S/R)重复序列的RS结构域,在RNA剪接体的组装和选择性剪接的调控过程中具有重要的作用。绝大多数SR蛋白是生存的必需因子,通过其RS结构域和特有的其他结构域,实现与前体mRNA的特异性序列或其他剪接因子的相互作用,协同完成剪接位点的正确选择或促进剪接体的形成。深入研究SR蛋白家族在RNA选择性剪接中的调控机制,可以促进以疾病治疗或害虫防治为目的的应用研究
在这篇文章中，研究人员通过全基因组分析揭示了SR蛋白在调控RNA剪接中的广泛协同和竞争作用。采用剪接敏感微阵列分析和紫外交联免疫沉淀结合高通量测序（CLIP-seq），研究人员在小鼠胚胎纤维细胞(MEFs)中，绘制出了两种典型的SR蛋白：SRSF1 (SF2/ASF)和SRSF2 (SC35)的基因组全景图。
分析结果显示，两种SR广泛重叠地与外显子结合，普遍参与促进了外显子的保留（inclusion）和跳跃。研究人员证实SR蛋白与RNA结合受到正负双向调控。进一步的分析揭示，个别SR蛋白丧失，可导致受累外显子上其他的SR蛋白相互作用协调性丧失或补偿性获得。表明一个SR蛋白对于剪切调控的特异性影响，取决于哺乳动物基因组中多个其他SR蛋白一系列复杂的相互关系。
（生物通：何嫱）