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微生物肥料是不同于化肥、有机肥的一种新型肥料。它是一类以微生物生命活动及其产物导致农作物得到特定肥料效应的微生物活体制品。也就是说，含有具有特定功能的微生物，是微生物肥料产品的本质特征。
目前，我国微生物肥料产品分为农用微生物菌剂、生物有机肥和复合微生物肥料3类，其对应标准分别为GB20287-2006《农用微生物菌剂》、NY884-2012《生物有机肥》和NY/T798-2004《复合微生物肥料》。其中，农用微生物菌剂（简称菌剂，或通称功能菌剂）按内含的微生物种类或功能特性细分为根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂等品种。
由于微生物的种类繁多、功能多样，以致微生物肥料具有多样化的功能。在农业行业标准NY/T1847-2010中，将微生物肥料功能归纳为提供或活化养分、产生促进作物生长活性物质、促进有机物料腐熟、改善农产品品质、增强作物抗逆性、改良和修复土壤等6个方面。就某一微生物肥料产品来说，它不可能同时具备以上列出的所有功能，以其中的1~2个功能为主。因此，应按照我们的目标要求，选用不同功能的微生物肥料产品，并注意其适用的作物与地域范围，才能发挥出产品的功效与特点，实现它在我国农业可持续发展中的不可替代的作用。