生物芯片是将大量生物识别分子按预先设置的排列固定于硅片、玻片等载体的表面，利用生物分子的特异性亲和反应，如核酸杂交反应、抗原抗体反应等对基因、配体和抗原等生物活性物质进行测试和分析的一种高科技产品。由于技术相对成熟、市场需求旺盛，国外一大批生物芯片企业的年收入达到了数千万，甚至上亿美元。但随着生物芯片专利部署、市场部署进程的发展，专利诉讼也在快速增加。
生物芯片专利大战的爆发
从1997年开始，欧美地区陆续爆发了数十件生物芯片专利纠纷。其中，围绕下述4个诉讼产生的几组纠纷的分布十分密集，影响也很大。
第一，爆发于1997年的Hyseq公司诉Affymetrix公司案。在第一轮诉讼中，原告使用了4个美国芯片专利。为了增加攻击力度，在1997年12月、1999年10月，Hyseq公司又用新授权的几个美国专利控告Affymetrix公司侵权。被告人Affymetrix公司陆续展开反击。它先后在两个美国法院对挑起专利大战的Hyseq公司提起专利侵权诉讼，每个诉讼都用了3个美国专利，其中有两对专利相同。
第二，爆发于1998年的Affymetrix公司诉Incyte基因组公司案。原告使用了3个美国专利，前两个是微阵列芯片专利，第三个，即第5800992号专利用于保护基因在几类细胞中的差异性表达技术。被告对有关专利提起了无效申请。不久，Incyte基因组公司用两个RNA增强专利控告Affymetrix侵权。Affymetrix公司则又拿来另外两个微阵列芯片专利继续控告Incyte基因组公司侵权。
第三，爆发于1999年的牛津基因技术有限公司诉Affymetrix公司案。同年，两公司之间的生物芯片专利侵权诉讼和专利许可合同纠纷从英国法院打到了美国法院。两公司之间还相互提起了针对英国专利、欧洲专利的无效程序。
第四，爆发于2004年的牛津基因技术有限公司诉Mergen有限公司案。该案中，原告主张被告侵害了其在美国部署的微阵列基因芯片专利。
上述4组专利纠纷把世界生物芯片行业带入了第一轮专利大战。
主要专利纠纷的最终结局
上述4组专利纠纷都以和解结案。和解协议签署时间依次为2001年10月、12月、3月及2005年1月。
Hyseq公司诉Affymetrix公司案的和解协议没有全部公开。从已经公开的个别协议条款看，最初的被告人Affymetrix公司没有吃亏。首先，它获得了Hyseq公司新设立的分公司--Callida公司10％的股份。Callida公司将拥有一家叫N－mer的分公司。后者是原告和被告的一家合资企业，集中开发用于全程排序的DNA微阵列。Affymetrix公司还将充当N－mer公司生物芯片的独占供应商。在签约后5年内的任何时候，Affymetrix公司享有对N－mer公司大部分股份的优先购买权。但是，Hyseq公司获得了某些Affymetrix专利的国内使用许可。和解协议规定，Hyseq公司可以选择自行退出生物芯片制造业，可以把现有产业逐步转移给Affymetrix公司或者直接转移给N－mer公司。Affymetrix公司授权Callida公司使用一些不保护微阵列芯片的专利，以及那些在Hyseq发起的专利复审程序中受到争议的专利。Affymetrix公司则获得了部分Hyseq专利的非独占许可。
Affymetrix公司诉Incyte基因组公司案爆发后，被告申请转移管辖法院，争取与Hyseq公司诉Affymetrix公司案并案审理。这个请求帮被告拖延了诉讼时间。案件移转后，被告对权利人的专利提起无效请求，并要求法院给予简易判决。在简易判决中，原告使用的第3个专利的全部5个权利要求被宣告无效。
牛津基因技术有限公司诉Affymetrix公司案的和解协议也没有公开，但是，双方宣布将终止全部专利纠纷。
牛津基因技术有限公司诉Mer－gen有限公司案的和解协议同样没有公开。当事人的公告仅仅显示被告获得了在美国、欧洲、日本生产和销售微阵列芯片的普通许可，但是专利许可费数额不得而知。
鉴于上述纠纷的和解协议全部系保密协议，各位当事人的专利实力、攻击效果等都没有机会在公开的法律裁决中得到见证。不过，生物芯片企业在诉讼中大批使用专利网，并迅速组织发起补充性、反击性专利诉讼程序的做法令知识产权法律专家们大开眼界。这种现象在其他技术领域非常少见。
芯片专利大战启示录
启示一：专利诉讼能推动许可费付费谈判活动。例如，2000年8月，英国一审法院裁定Affymetrix公司侵犯了英国牛津基因技术公司的第EP373203号专利。2000年11月，美国联邦地区法院也裁定Affymetrix侵害了该专利在美国的同族专利--第5700637号专利，使原告有望在美国法院获得3亿美元侵权赔偿金。这两个初裁大大强化了牛津基因技术有限公司对Incyte基因组公司、Agilent技术公司索取专利费的谈判攻势，最终为权利人带来了大笔许可费。牛津基因技术有限公司目前部署了13个专利家族。该公司在专利侵权诉讼中仅仅使用了一个专利家族中的几项专利。从目前的经营态势看，用核心专利攻击行业巨头的做法能帮助该公司威慑其他侵权人，继续用和平手段获得大量的许可费。
启示二：专利联合许可将日益普及。2001年，美国专利与商标局发布了在生物技术领域建立专利联合许可制度的建议报告。这是该局在专利联合许可方面发布的唯一一份报告。响应该局的号召，著名的专利联合许可
管理人--美国ViaLicensing公司已经着手发起生物技术专利联合许可活动。实际上，生物芯片产品的专利分布密度太大，权利人也非常集中。在这样一个产业，侧重联合许可的技术贸易格局可望诞生。不过，和4C、7C的DVD专利联合许可一样，这种生物芯片专利联合许可对缺乏专利筹码的企业、国家也许是一场灾难。
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