在全球油价下行、粮价飞涨之时，一些国家利用玉米、大豆、甘蔗等农产品提炼生物燃料被批评为“与人争粮，与粮争地”，而幅员辽阔、物产丰富的拉美国家正在依靠自身优势，研究开发多种基于新型原材料的第二代生物燃料。
第二代生物燃料是指以非粮食作物为原料生产出的生物燃料，它不会耗费农业资源，影响粮食生产，反而能拓宽能源资源种类，降低生物燃料生产成本，缓解能源压力，为全球生物燃料产业注入新的活力。
在第二代生物燃料方面处于领头羊地位的依然是甘蔗乙醇大国巴西，现在这个国家正在开发含糖木薯产乙醇。巴西此前一直利用木薯生产乙醇，但需要将木薯所含淀粉经水解转化为糖，从而提炼乙醇，技术要求和成本较高。巴西农牧业研究公司通过转基因技术开发出一种根部含糖而不是淀粉的木薯，省却了复杂的水解步骤，提炼乙醇所需成本比一般木薯减少２５％。目前巴西已建造了３个试验性木薯乙醇燃料厂，并期望２０１０年含糖木薯产乙醇能正式投放市场。
巴西也把目光投向了亚马孙雨林，寻求利用雨林植物资源提炼生物柴油。巴西农牧业研究公司今年上半年启动了一项“能源性农业生产发展”计划，将对亚马孙热带雨林植物进行辨别筛选，确定油料作物种类，以增加生物柴油原料种类，提高植物燃料产量，同时也为当地农民提供大量就业机会。
巴西石油公司则开始研究从秸秆、稻壳和甘蔗渣等农业废弃物及林木采运加工过程中产生的林业废弃物中提炼乙醇。目前巴西石油公司在里约热内卢州已拥有一个专门试验基地，该公司倾向优先重点研发从甘蔗渣中提取植物纤维素乙醇的技术。据估算，利用这种技术，在甘蔗种植面积不变的前提下，巴西乙醇产量可提高６０％左右。巴西石油公司已计划于２０１１年修建巴西首座植物纤维素乙醇工厂，２０１５年启动植物纤维素乙醇商业化生产。
哥伦比亚盛产棕榈树，４年前就开始从棕榈油中提炼生物柴油，现已有３个生物柴油厂投产，原材料主要是棕榈油和大豆。哥伦比亚科学家还发现一种海藻提取物含有与棕榈油类似的成分，可用于提炼生物柴油与普通柴油混合使用。目前，哥伦比亚石油署专家正在东北部桑坦德省进行试验研究，希望能于明年正式生产“海藻柴油”。此外，哥伦比亚也在研究使用蓖麻、松子、葵花子、甘薯粉、甜菜、香蕉、鳄梨和咖啡豆残渣等作为生物柴油的原材料。
农业大国墨西哥可用于提炼生物燃料的原料极其多样。墨西哥国会近日通过一项生物燃料促进法修订案，规定生物燃料原料种类从玉米和甘蔗拓宽到农渔牧林任何行业产生的有机材料以及工业废料等。
在能源相对匮乏的加勒比岛国多米尼加，人们则在进行用松子提炼生物柴油的尝试。
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