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欧盟委员会一份名为《欧盟交通温室气体排放：到2050年路线》的新报告草案指出：生物柴油等传统生物燃料会增加温室气体排放，而且造价昂贵，不适合作为替代燃料。
该研究估计，不考虑间接影响，生物燃料的减排成本将达每吨二氧化碳100~300欧元。而当前二氧化碳的市场价格仅为6.14欧元/吨，这意味着使用生物燃料减排的代价相当于购买排放权的49倍。不仅如此，生物燃料还会带来毁灭森林、草地等间接影响，实际上增加了碳排放。
欧盟委员会生物燃料报告的主要作者，农业科学家David Laborde指出，欧盟和其他国家的决策者支持发展生物燃料并非出于环境原因，而是由于别的因素，支持生物燃料可以作为向农民补贴的依据，一些工业组织以能源安全为由宣传发展生物燃料。他们希望能源供应多元化，而不是从中东购买石油，即使替代供应来源效率不高，甚至并不环保。
2007年，欧盟提出了到2020年生物燃料在交通运输业用能中占10%的目标，2009年将其替换为可再生能源占10%。但分析人士指出，生物燃料的比重仍将达到8.8%，其中92%是生物柴油等传统生物燃料。