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北京医药集团针对本部管理层“机关”化，实体不实的现状，前不久进行了大刀阔斧的改革调整，把原有行政公司式的处（部）室结构，调整为与国际接轨的事业部制，变为更适应市场竞争需求的企业化经济实体。
北药集团是由原来的行政性公司转制为企业集团的，集团本部管理层一直没有走出“机关”的模式。适应市场形势的变化，他们借鉴国外大企业内部组织结构，并结合自己的实际，在集团本部全面推行事业部制，将原有负责生产的经济运行部等十多个业务部门，合并组建天然药物事业部、品牌处方药事业部、大输液事业部、生殖产业事业部、药品流通事业部等专业职能部门。每个事业部对口负责管理下属企业具体的生产、经营、出口及发展规划等，实行专业化分工，每个事业部也因此变成了名副其实的小实体。
该集团天然药物事业部去年6月底正式挂牌运作后，把负责管理的本溪中药三厂、合肥神鹿中药厂、北京双鹤高科天然药物有限公司三家企业各自分散的销售业务及销售人员集中到北京，充分利用首都的信息、科研和人才优势，重新调整产品市场销售和新药研发布局，统一对外销售，使资源共享。