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我国是原料药生产和出口大国，但出口产品中的结构性缺陷比较严重，传统的价格优势也在逐渐丧失。总体来看，当前我国原料药出口中主要存在以下问题：
一是部分大品种产能呈现周期性过剩，价格起伏较大。我国生产的原料药大多品种老、附加值低。以2010年出口统计为例，出口的223个编码商品中，均价超过100美元/公斤的有27种，占12.11％，但出口额占全部原料药出口总额的比重只有5.59％。47％的原料药品种出口均价在10美元/公斤以下。可见，我国原料药结构性缺陷比较严重，高端原料药比例过低。众多原料药生产企业博弈于低端产业链，低水平同质化现象严重，其结果是低价竞争愈演愈烈。更令人担忧的是，部分企业急功近利，看到什么产品出口价格上涨就盲目上马或扩产，很快就造成市场严重供过于求，重新跌入恶性竞争的泥潭。如青霉素工业盐、VC等大宗品种都是如此。这种周期性恶性竞争的怪圈，形成了中国原料药产业中的痼疾，既消耗了许多重要资源，又极大地损耗着企业的元气，严重阻碍着原料药产业的健康发展。
二是成本上涨较多，难以转嫁给进口商。中国原料药历来以价廉物美著称，低廉成本形成的价格优势是进入国际市场最大的和传统的竞争优势。但是这种传统的优势正在逐渐丧失。2010年，企业生产、经营成本上升较多：首先是环保标准的提高，迫使一部分企业从沿海发达地区迁出，增加了重置企业的成本，就地改造环保设施的企业，投入成本也大大增加，且每年还要支出较高的维护成本；其次是人力成本增加，新的劳动合同法实施后，有些企业的用工成本增加了20％~30％，而各地发生的“用工荒”更是加大了中小企业的用工成本；三是原材料涨价，煤、水、油、电、运输等成本普遍上涨，致使企业生产成本居高不下，但许多产品的出口价格不仅没有同步增长，而且同比还有下降。很多出口企业表示，上升的成本只有30%~50%能够通过沟通由客户分担，大多数企业需要通过技术改造、强化管理甚至牺牲利润来自己消化，压力很大。
三是出口退税前景不乐观，竞争优势减弱。出口退税是国家对出口贸易的一个重要的促进措施，但是随着低碳、环保等政策的逐渐深入，原料药的出口退税前景越来越不乐观。由于许多原料药属于“两高一资”产品，出口退税率从13％降为5％，直接影响了原料药的出口价格。虽然在国际金融危机的背景下，多数产品出口退税率回升到9％，部分产品回到11％，但要恢复到13%~15%的水平相当困难。虽然生物医药是国家的重点发展领域，原料药中的部分产品也是高科技、高附加值产品，但由于大多数原料药海关编码都是综合码，所以要想提高这些产品的出口退税率也非常困难。近年来，一些产品的出口报关编码归类争议也越来越多，由于不同编码的出口退税率相差6个百分点，不同的归类结果对企业的影响也非常大。出口退税率的降低，使我国一些产品在和印度企业的竞争中处于劣势。
四是人民币有升值趋势，经营风险较大。人民币升值压力一直是悬在出口企业头上的一把利剑。2月10日，人民币兑美元汇率升至6.5849，创汇改以来新高。目前，以美国为首的西方国家还在施压人民币升值，人民币依然有升值的趋势。相对于外贸企业3%左右的利润率，再考虑到金融危机以来多数国家货币贬值的因素，人民币大幅升值对企业的打击将是毁灭性的。人民币升值的预期甚至影响到企业的签单意愿，对汇率变化的担心直接影响到原料药出口贸易的发展。
五是产业链延伸不足，在与印度的竞争中差距较明显。印度是中国原料药出口的最大竞争对手，总体上讲，中国原料药在出口量和部分大品种上相对印度有优势，但在下游产品的竞争上，印度明显占优。2010年，印度从我国进口的原料药均价超过欧美国家，反映出印度在原料药下游产品或品牌质量上加大了发展力度，中、印企业在这方面的差距有可能拉大。因为印度本来就在企业国际化程度、获得高端市场质量认证、开拓欧美和非洲制剂市场等方面领先于我国企业，我企业如不注意发展原料药产业链和高端市场，就有沦为印度企业原料药加工厂的危险。