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阴阳除用来阐释杂病总病机外，尚有其他许多重要作用，在《金匮要略》中阴阳描述可见一斑。
掌控发病 如湿邪伤于腰以下的肌肉、关节时，因湿为阴邪，又腰以下属阴，故常从阴治；同样寒邪中于体内，因寒为阴邪，体内为阴，也常从阴治。雾邪伤于人体上部、皮肤腠理，因雾为阳邪，上部及皮肤腠理属阳，故常从阳治；风邪伤于体表，因风为阳邪，体表属阳，故常从阳治。“极寒伤经”，因寒、经俱属阴。这高度概括了湿、寒、雾、风等四邪中人的发病规律。故对于腰以下的疾病即使脉舌无湿、寒之征，在处方用药时往往稍佐利湿、散寒之品；同样对于腰以上的疾病即令没有风邪，没有上肢及头部的摇动，也没有轻微头重的症状，也应稍加祛风之药。
类分病证 如《脏腑经络先后病脉证》篇第十三条道：“问曰：阳病十八，何谓也？师曰：头痛、项、腰、脊、臂、脚掣痛。阴病十八，何谓也？师曰：咳、上气、喘、哕、咽、肠鸣、胀满、心痛、拘急。”所谓阳病即在表、在经络之病；所谓阴病即在里、在脏腑之病。
概括病位 如《黄疸病》篇第十二条发于“阳部，其人振寒而发热也”、“发于阴部，其人必呕”，很显然，前者发于体表，后者发于体内。此外，具体表述病位的如“阴寒”、“阴头寒”、“阴下湿”、“阴中即生疮”、“热入血室”等。
分辨脉象 如《妇人杂病》篇第八条在论述虚、冷、结气导致在上、在中、在下的不同病证后，仲景告诫尽管“三十六病，千变万端”，但只要医者“审脉阴阳”，辨别其虚实紧弦，也不难治疗。一般来讲，浮、滑、数等脉属阳，而沉、涩、迟等脉属阴；宿食病的脉弦、紧均为内寒，属阴；脉大、数的咸为邪盛，属阳；脉大而紧的则为阳中有阴。
指导治疗 如《妇人产后病》篇的产后郁冒证是分娩时出血过多，再加上汗出较多，腠理开泄，寒邪趁虚而入所致，其病机属典型的阴阳失调，即所谓“血虚下厥，孤阳上出”，其“故当汗出，阴阳乃复”之论，对本证的治疗起了关键的指导作用，因为要变“但头汗出”为“大汗出”即全身微似有汗，只有用小柴胡汤扶正达邪，和利枢机方可实现，即《伤寒论》所谓“身濈然汗出而解”。此外，《水气病》篇第三十条的气分证强调“阴阳相得”与此同理。水气病对腰以下肿者，强调利尿，因腰以下属阴；对腰以上肿者，强调发汗，因腰以上属阳。以上俱示就近祛邪，因势利导。
推断预后 如以上所举郁冒证服小柴胡汤后，由“但头汗出”变为“大汗出”，即全身微似有汗则表示阴阳已恢复到平衡状态；气分证无论是服桂枝去芍药加麻辛附子汤还是服枳术汤，只要患者“大气一转”，或矢气频频或小便频频，均为“阴阳相得”。此外，浸淫疮从四肢流来入口者，为病邪由阳入阴，故难治；若从口起流向四肢者，为病邪由阴达阳，故易治。
昭示治禁 如《痰饮》病篇第三十八条“其证应内麻黄，以其人遂痹，故不内之。若逆而内之者，必厥，所以然者，以其人血虚，麻黄发其阳故也”。因血虚故“手足痹”即麻木不仁，若用辛温的麻黄必重伤阴液，进而重伤阳气而加重支饮证，故言“发其阳”也。此外，《水气病》篇第四条兼寒的风水、渴而不恶寒的皮水、寒湿的黄汗及肺胀，若出现了口渴、下利或小便数者，均说明阴液已大伤，不能再使用汗法，若用汗法，必先损阴后伤阳，故告诫“皆不可发汗”。