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格局式多层次的传统研究方法的整合。对偶统一是中医传统研究方式的灵魂。例如脑之元气与阴精是构成脑的生命运动的二个基本要素，而且也即是功能与物质必须保持在对立统一的平衡状态之中。这时候，我们在进行研究时，既考虑到脑实质包括细胞、血管的功能状态，也要把血液与神经递质等物质的集合进行分解。只有在细胞的功能实体与神经介质等物质保持对立统一中的平衡时候，“脑为元神之脏”才得以成立。
重现逻辑推理的运用。达尔文说过：“科学就是整理事实，以便从中得出普遍的规律或结论”，在中医脑科学研究中，有大量的事实需要运用推理法研究，例如香水是香的，这是脑的嗅觉在发挥作用，而中医又把“香归人脾”为此脑与脾也形成一个事实上的联结，这时，我们的头脑需要一个合理的逻辑贯通的知识总体。换句话说，焦躁香臭对嗅神经肯定有影响，这是功能的，而产生影响的物质是不是神经递质在启动中进行了新的有序集合排列，从而为嗅觉产生不同嗅味而提供了新的物质基础。
推理中的类比法推理也十分重要。类比是指事物关系之间的相似而不是指事物本身之间的相似。类比法则在提出线索或假说以及帮助理解天法看到的现象和情况方面，有十分可贵的作用，便如：有人赞成弱智来源于大脑，也有人指出人本身对大脑本身潜能的发挥不到3％(最高)，97％的潜能发挥不出来，为什么就不是弱智，因而引申出智力与脑细胞的多少，所需要延期的多少等一连串问题，这时你必须运用类比法整合神经细胞的功能，营养物质，进而分析和研究出影响”智力”的主要因素并为增智提出理论依据。
创新性的强化实验研究。实验是不可或缺的方法，尤其是对照实验是生物学实验中最重要的方法，但在研究中医脑髓理论中需要进行必要强化与创新。所谓强化，时间结果的最基本条件是要能再现，发明一些适合整体恒动的新技术，以适应脑髓理论核心命题的需要，对实验作的全部细节要做详细记录等等；所谓创新，是指实验方法上要创新，例如在配对动物差异时特别注意到”头大、脑阔、两眼明亮、动作快捷”的无病动物；在统计学上要做到个体与群体的相关差异及资料的准确性等等，因此实验必须能解决质的问题。
至于其他的文献、资讯、基因、纳米以及当代最新高科技等方法要设计出与本课相关的研究方法，如能这样，往往可以达到事半功倍的效果。
3研究选题举例
任何一个科学家，在开始科学研究的时候，首先要决定的是选题。选题不仅关系到成功与否，而且也关系到能否有学术和应用的价值，中医脑科学研究也不例外。
选题是否成功，还取决于与诸多因素有关，如研究者的兴趣，能否解决眼前摆着的问题，是否容易得到资讯和资料等因素都是十分有关的。
中医脑科学的选题存在着较大的问题，表现在：①宽窄度不能很好掌握：题目太大显然失之于泛，不易成功；题目太小，难得资料，有时说不清；②要揭示中医脑髓理论的科学内涵，一定要符合中医理论体系，如不符合，不仅不被中医界承认，而且也失去了真正的中医理论研究的学术价值，最多也只能给西医理论一个补充。因此，我们选题强调：①要符合中医脑髓理论，务必揭示其科学内涵；②选题要有好的切人点，既要中西医乃至科学界认可，又要说得明白，论据，论证和实验方法切题合理。现举例说明如下：
生物钟节律理论与“时藏医学”的融合研究。下丘脑视交叉处是生命生物钟节律司令部，他主管着人生命运动中昼精夜寐节律，所以人能够“昼精”，与人在醒后分泌肾上腺素有关，而所以能够“夜寐”是与欲睡前开始分泌大脑前叶素有关，而中医的时藏理论指导择时用药，择时用针，对解决因生命节律失调的病例——如疲劳，失眠等有很好能疗效。如果我们进一步研究调整，昼精夜寐的生物钟节律规律的关键问题——肾上腺素分泌时间、量及大脑前叶激素分泌时间、量，并用现代生物、化学等方法研究上述激素分泌的峰值和谷值，那么就既可以揭示各种疲劳产生的机理，又可以解决脑疲劳的问题，其意义就十分重大。
阳跷阴跷理论与寐寤关系的实质研究：跷脉左右成对，均起于足踝下，分主一身左右之阴阳，由于其具有滋养眼目，司眼睑之开合和下肢运动功能，故阳跷和阴跷在出现病候时会有足外翻与足内翻，多寐或不寐之分，因此当我们在阐述大脑的睡眠中枢时就应当与跷脉理论结合研究，以多寐与不寐作为一对基本矛盾分析，研究出目不暝与目闭(人睡)与跷脉人目内眦而致寐寤的物质基础，并因此而探求治疗失眠的方法或针治方案，也是完全可以实现的。揭示脑病证治规律的物质基础，脑为脏，脑与五脏关系十分密切，我们在大量的临床实践中发现：肝病及脑、肾病及脑、心病及脑的证型十分多见，并且几乎是界限分明，层次清楚，如：肾主藏精，生髓充脑，肾虚而病脑，可见头痛、眩晕、昏迷、抽搐、健忘、失眠、烦躁、瘫痪等，研究这些临床征象及其内在联系机制，并进而揭示其产生的物质基础，如肾精虚与肾上腺素分泌过少等的关系，以及补肾填精法对促进肾上腺素分泌，改善肾精亏损和脑虚的程度，从而为临床上提供肾病及脑型的各种脑病的药物有现实意义。
卫气功能与卫气行理论的实质研究。中医认为：卫气的功能是“温分肉，充皮肤，肥腠理，司开合”，其循行不入血脉，只在皮肤，肌腠，胸腹、脘腹之间，也可散布全身，也就是说防御外邪(象征人体抵御)温养全身，调控汗孔的开泄。其循行“行于阳二十五度”——人于阳即在白天，“行于阴二十五度”，人于阴在晚上，一日一夜周身回圈五十度(周)，又称五十营，与西医所讲水电解度的平衡回圈有相似之处，这就是说：我们融合东西方方法对中医“脑与卫气”(抵御)进行研究，对于提高机体免疫功能，预防疾病将产生十分有益的作用。
望眼诊脑病的规律研究：《灵柩·大惑论》云：“目者，心之使也，心者，神之合也，故神经乱而不转，猝然见非常处，精神魂魄，散不相得，故日惑也”，又说：“目之精为瞳子，筋之精为黑眼……”在脑病中常出现乳头水肿，复视、眼皮下垂等病变，摸索出一套揭示脑病规律的诊眼法，当然包括运用眼底镜检查，对诊断脑病，评估脑病的防治疗效都将是有很好的效果。我在研究中医“五轮八廓说”时，比较重视：“八廓应乎八脉，脉络经纬于脑，贯通脏腑…”(《证治准绳·杂病》)的理论，从眼结构来讲，基本属圆形，故命名日轮。由于心主神明，关系大脑的各种功能活动，故“神之在人大矣，在足能行，在手能握，在舌能言，在鼻能嗅，在耳能听，在目能视…”这些都是脑神功能指挥所致。所以，开展望眼诊脑病的规律性研究，并揭示其科学内涵，无疑对丰富脑病的诊断学起极大的作用。
把握脑与经络的联系探索针灸防治脑病的规律：脑与经络的关系十分密切，其中直入脑的有督脉、足太阳；从目系人脑的有足太阳，足阳明，手少阴，足厥阴；经别则有足少阳，足阳明，手少阴；从目周人脑的经筋有跷、任、足太阳经络，足少阳，足阳明，手少阳，手太阳经筋。而且尤其是“维筋相交”理论，“维筋相交”理论早于西医“椎体相交”理论两千多年，而且其中非线性的复杂关系是非常值得研究的。一旦突破，不仅为经络实质的研究带来研究的突破而且将为揭示中医脑髓理论的科学内涵起到推动作用。
如上所述，中医脑科学研究领域甚广，值得重视。至于研究中的技术路线等方面需要结合具体选题来讨论。