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直肠和乙状结肠是消化道的末端，也是息肉、溃疡、恶性肿瘤的好发部位。直肠腺瘤性息肉又是癌前期病变，家族性多发性息肉病也常易癌变，甚至有多处癌变，癌变率可高达15%～60%，溃疡性结肠炎也是比较常见的癌变诱因。恶性肿瘤发生在直肠和乙状结肠连接处的最多，占全身恶性肿瘤的15%，占肠癌的75%，约一半发生在直肠。而发生在直肠和乙状结肠的恶性肿瘤病人，往往先有大便习惯的改变和便血，常易被误诊为痢疾和痔疮等，给病人带来严重的后果。因此，便秘病人，凡疑为直肠和乙状结肠病变的人，都应列为乙状结肠镜检查的范围，特别是疑有直肠和结肠恶性肿瘤或临床出现直肠乙状结肠刺激症状(如排便习惯的改变、便血、粘液便、粪条变细等)时，都应及时进行直肠和乙状结肠镜检查。
做直肠镜和乙状结肠镜的临床意义是：可以证实直肠指检的发现，还可以发现肛门直肠指检无法摸到的肿块，同时还可以对可疑病变采取活体组织标本作病理检查，因而，对明确疾病诊断甚有帮助。对疑有下消化道肿瘤、各种炎症、溃疡、寄生虫感染、息肉等疾患，需进一步明确诊断或作鉴别诊断时，或由于肛裂、肛瘘、痔疮、肠结核等局部原因造成的继发性肛门瘙痒症也有必要做直肠镜和乙状结肠镜检查。通常约有70%的大肠癌可通过此镜直接看到。除用于诊断外，还可用于治疗，例如直肠息肉即可通过乙状结肠镜进行电灼或摘除，也可用于直肠、乙状结肠的异物取出。
但是，这种检查也不是对任何人或任何时候都适用，如遇有直肠或乙状结肠远端狭窄，窥镜不能通过时，就不要强行插入；或当患者有腹膜刺激症状，不能胜任检查时，也不要强行检查；对于同时患有各种急性感染性疾病，近期发生的心肌梗塞、急性腰背部损伤或下肢扭伤，以及行经期妇女等，则要延期检查；对于有出血倾向或凝血障碍的病人，应禁忌取肠活组织检查。