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引起细菌过度繁殖的原因有以下几种：
(1)进入小肠的细菌数超量
①食物严重污染；
②胃粘膜屏障损伤，例如胃酸缺乏、胃空肠吻合术后、部分或全胃切除术后等；
③小肠内细菌种植，如胆管炎、瘘和回盲瓣丧失等。
(2)即使小肠无郁积，细菌也有增殖
①防御机制的缺陷，如免疫缺陷、胆盐缺乏等；
②无明显防御机制的缺陷情况，如老年人、营养不良、尿毒症、热带性腹泻及单糖吸收不良等；
(3)肠腔内细菌清除延缓
①局部解剖的异常，如十二指肠及空肠憩室炎，先天性肠腔狭窄或由克隆病、结核、溃疡引起的狭窄等；
②全身性疾病引起的肠紊乱，如硬皮病、淀粉样病、辐射病及小肠假性梗阻等；
③手术后出现的问题，如输入袢郁滞、术后盲袢、空肠旁路、肠侧侧吻合术等；
④神经功能失调导致小肠蠕动失调，如迷走神经切断术及糖尿病等。