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为了提高虫卵的检出率，需采用各种集卵法，且检查原虫的粪便标本宜加防腐剂。为便于形态观察，宜加用染色剂，其中以“三色”染色最为常用。粪便中常见的原虫包囊及滋养体为溶组织阿米巴、梨形鞭毛虫的滋养体及包囊，粪便中常见的寄生虫卵为血吸虫卵、姜片虫卵、绦虫卵、蛔虫卵、鞭虫卵、钩虫卵及线虫卵。