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治疗药物的选择和疗程取决于感染的部位和并发症的性质。对于急性非复杂性膀胱炎应使用在尿中能达到治疗浓度的药物,可用单剂疗法,给予复方新诺明5片或羟氨苄青霉素3.0克,一次顿服,治愈率可达90%。对急性有症状及复发性肾盂肾炎或伴有菌血症的病人,应使用在尿和血液中都能达到有效治疗浓度的药物,如氨苄青霉素、羟氨苄青霉素、卡那霉素等,疗程为14日。对于伴有结构异常或肾功能不全的复发性肾盂肾炎病人,应使用在血液和组织中都能达到有效治疗浓度的药物。此外,在积极使用抗生素治疗的同时,还应积极地纠正或消除诱因和并存疾病。
老年人复杂性尿路感染的理想疗程目前尚未统一,一般不主张长期预防性用药。但对那些反复发作有症状的尿路感染者,长期预防性用药则是适宜的。目前最常用于长疗程低剂量抗菌疗法的是复方新诺明,每晚于睡前排尿后服半片,用此法后尿路感染再发率为平均每病人每年仅0.2次,可连续服用数年,效果不减。亦有学者用氟嗪酸每晚服0.1克,代替复方新诺明作预防性治疗,同样能获得良好的效果。