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当食物中锰摄入不足，食物中钙、磷、铁等成分过多干扰了锰的吸收，或消化道疾病干扰了锰吸收，可引起锰缺乏。锰缺乏时可引起下列病变：①骨质疏松，骨骼畸形，软骨受损，中老年人出现疲劳乏力、腰酸背痛、牙齿早脱、易骨折；儿童生长发育迟缓、骨骼畸形。②人体内的过氧化物歧化酶具有抗衰老作用，此酶内含有锰，当锰缺乏时则无抗衰老作用。③ 人体内严重缺锰时可致不孕症，甚至出现死胎、畸形儿等，男性雄性激素分泌减少。④大脑正常功能的发挥需要锰，当锰缺乏时可致智力减退，儿童多动症，甚至诱发癫痫和精神分裂症。锰缺乏对儿童最大的危害是干扰大脑发挥正常功能，使智力减退，患儿童多动症，诱发癫痫等，应注意防治。锰缺乏的防治主要是食疗，只要不偏食，一般不需额外补锰。孕妇、乳母和儿童应适当增加含锰的的食物，粗粮、核桃、花生、绿叶疏菜中锰含量均较高，儿童应适当多食，有利于智力发育，防止多动症的发生。
如果长期接触锰化合物可造成锰中毒。早期表现为疲乏无力、头昏、头痛、失眠、下肢无力、行走困难、走路晃动、步态不稳、后退困难。重度中毒还可出现言语障碍，讲话含糊不清、吐字困难、说话不连贯，常表现为“口吃”，还可出现肢体颤动，书写困难，字越写越小，表情呆滞，发笑不自然，记忆力减退，智力低下，情绪不稳定，常有冲动行为等。有的还出现发热和呼吸困难。由于锰中毒症状是由于锰过多使大脑中多巴胺合成减少所致，因此要防治锰中毒，防止锰污染饮食和环境是预防中毒的根本措施。锰中毒应尽快到医院治疗，如果为饮食污染所致应先洗胃，然后导泻，驱锰治疗可用依地酸钙钠、二巯基丁二酸钠等，有肢体颤动者可用左旋多巴、金刚烷胺等。