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咽上缩肌收缩加上吞咽动作将扁桃体推入口腔,使其表面浸浴在口腔和咽腔的分泌物中,可持续地监视空气和食物内的各种细菌。含有细菌的分泌液连续而缓慢地流过淋巴组织,结果形成抗体,以抵御来自鼻腔和口腔的微生物。
扁桃体有重要的免疫功能,在活体内和活体外均已证实扁桃体内可形成免疫球蛋白(IgA、Ig G、IgM、IgD和IgE)、干扰素。扁桃体还参与特异性细胞免疫,可能对抗某些恶性肿瘤的发生,对全身抵抗力起重要的作用。