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德国侵占青岛初期，在黄岛设立检疫所。1906年又在台西镇团岛一座营房（今第五人民医院址）中设立临时检疫所，隶属总督府辅政司领导的船政局。1914年，临时检疫所被侵青日军接管。同年12月28日，日占当局设立港务所，在青岛区及大港设见张所（即信号台），无锡町设检疫派出所，在团岛附近设海港检疫停留所，协调检疫工作。1922年成立胶澳商埠督办公署海港检疫所，仍在团岛附近停留所隔离疫情（有工作人员15人）。1924年海港检疫所缩小为胶澳商埠港政局海务科检疫股，有工作人员9人。1929年7月，青岛特别市港务局设检疫股负责海港检疫事务。1932年6月，市长沈鸿烈令港务、社会、公安局成立临时海港检疫所，防止上海市暴发的疫情传入。9月，上海疫情解除，临时海港检疫所即行解散，海港检疫仍由青岛市港务局检疫股负责。1938年日本第二次侵占青岛后，检疫机关改名为青岛市海务局检疫科，另在小港码头增设检疫站。1945年，南京国民政府接收日伪青岛市检疫机构，1946年改称为卫生署青岛海港检疫所，所内设医务科和检疫科，并附设海员诊疗室，有工作人员24人。1947年又改名为卫生部青岛海港检疫所。
建国后，中国人民解放军青岛军事管制委员会卫生部接管了青岛海港检疫所。1949年11月，归属青岛市人民政府卫生局，分在德县路9号、陵县支路1号和小港码头三处办公。1950年6月22日，改名为青岛交通检疫所。1951年3月被华东军政委员会定为二等所。同年3月20日，卫生部指示华东军政委员会卫生部委托山东省卫生厅代管。7月，华东军政委员会卫生部将连云港交通检疫所划归青岛交通检疫所领导。1954年改名为中华人民共和国青岛卫生检疫所（以下简称检疫所）。1978年1月，青岛卫生检疫所划归山东省革命委员会卫生局领导。1984年8月15日，又移交青岛市人民政府，由市卫生局领导。1986年编制55人，设检疫科、卫生科和检验科，下设石臼所检疫站、黄岛检疫站。