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分子生物学、生物化学、生物物理学、电子技术和计算机科学等高新科技的广泛应用，为耳鼻咽喉-头颈外科基础研究提供了有利的条件，做出了一定的成绩。1999年发表在4种国内耳鼻咽喉科专业杂志的“基础研究”栏和“实验研究”栏的基础研究论文共有73篇，加上其他几种耳鼻咽喉科专业期刊专著栏中的基础研究论文超过100篇。此外，近几年国内还有一些耳鼻咽喉科基础研究论文发表在国外期刊上。这些论文反映我国耳鼻咽喉科学的基础研究工作已达到较高的水平，同时也反映基础研究在研究生的培养工作中所起的作用。
参与耳鼻咽喉-头颈外科基础研究的人员多为临床医师和研究生，专业科研人员不多。临床医学是应用科学，如何更有效地将耳鼻咽喉科-头颈外科基础研究与临床应用相结合，进一步以临床应用为线索深入研究，如何加快将实验室的研究成果转化为临床应用，还存在一些问题，有待进一步提高。
一、基础研究和临床应用的关系
作为临床工作者或临床医学研究人员，所进行的一切研究都要从临床需要出发。“临床需要"包括解释临床现象，研究发病机理，研究诊断、防治措施等，其中包括基础研究。因此虽为基础研究，选题也宜从临床需要出发。比如“雌激素与鼻气道高反应性”是1990年获得资助的国家自然科学基金项目，该项目虽然前后发表了8篇论文，并证实人肥大细胞表面有雌二醇受体，但由于既不是临床急待解决的问题，也没有在理论上有新的深入的认识，与当前应用科学领域的研究方向有一定的距离。而对鼻窦内窥镜术后鼻粘膜病理改变的跟踪连续观察的研究，提出病理分型，据此提出术后围手术期的处理方法，则较符合临床应用基础研究的方向。
然而虽有明确的应用目标，但人们对客观事物
的认识受到许多因素的制约，选题必须充分考虑有无达到目的的可能性。美国前总统尼克松曾大量拨款要求科学家们在10年内解决癌症问题，以美国的财力和科研实力，至今也未能完成预期目标。其原因主要是未能按照认识问题的规律办事。
二、临床学科和基础医学科系的关系
耳鼻咽喉头颈的解剖、组织胚胎、生理、生化、药理等的基础研究，主要由基础教研室、生命科学基础研究单位承担，临床科室也可以开展有关方面的工作。临床医生有联系临床需要选题的优势，基础研究单位具有熟练的研究本学科的方法、技术的优势，各有所长。然而，临床学科在这方面的选题是否恰当是个问题。例如：脱离实际的手术进路和步骤，以手术前不可能定位的标志来研究某手术的应用解剖，标定有关结构的关系。又如：对某一器官在生理和病理情况下的一系列酶的活性的研究，虽然填补了不少空白，但从应用学科在认识和解决实际问题的要求方面，则似有一定的距离。临床学科（应用科学之一）如何搞基础研究，如何与基础学科以及非医学学科协作、分工，不少单位已有丰富的经验，在应用科学体制改革的过程中也有进一步协调的必要。目前国际和国内正在进行的人类基因组计划和开始启动的功能基因组计划，为这一研究工作开辟了广阔的前景。显而易见，这一艰巨的工作只靠某一单位或某几个人“单打独斗”的传统科研方式，是难以完成的。建议仿照人类基因组计划国际大协作的运作方式，以及我国成立人类基因组计划北方中心和南方中心的先例，成立遗传性聋（乃至其他耳鼻咽喉-头颈外科前沿课题）的协作组织，以期集思广益，减少低水平重复，收到事半功倍之效。临床医师从医疗实践中提出科学问题，并与基础学科的科学家共同合作研究，可为解决疾病的诊断、治疗和预防提供有力的科学依据。
三、注意基础研究选题的连续性
基础研究与临床应用的结合，除在课题设计上应从临床需要出发外，还应有连续性的工作方能获得用以指导和提高临床工作的研究结果。改革开放以来，一些对喉癌科研开展较好的单位已逐步形成了自己的研究方向，撰写了有关的专题论文。但仍须看到，不少单位有关基础研究的连续性不够，有的是没有相对稳定的长远的发展方向，有的是需要对原先的方向进行调整。一个课题写出的论文发表后，如果是因为并无多大的价值，而不再继续下去，就应该反思选题是否恰当；有些研究成果进一步完善后即可用于临床，却在完成论文后束之高阁不再过问；还有的计划本身欠周到，又没有采取补充措施。如喉癌患者免疫状态的检测，只有术前、术后及与正常人的对比，而无长期观测的结果，更无对预后影响的分析，也未能提出常规检测指标及其临床意义，以致未能在临床推广应用。又如：初步研究结果表明P53蛋白阳性者的放射治疗效果优于阴性者，但未能扩大样本量深入进行研究，也未能指导临床对治疗方式的选择。再如：已检测了多耐药基因在喉鳞癌组织中的表达，但却缺乏如何对抗多耐药基因、如何快速检测多耐药基因以便为患者制定有效治疗方案的后续研究。这些都大大影响了基础科研与临床应用的结合。湖南医科大学分子生物学和遗传学专家在耳鼻咽喉科医师合作下进行遗传性聋研究，在国际上首先克隆出非综合征性显性遗传性聋致病基因——GJB3基因，取得了可喜的成绩。国内各单位在这方面的合作研究也已逐步开展。但如何搞好遗传聋研究中耳鼻咽喉科学界本身及其与基础学科以及非医学学科的合作，在今后的研究工作及应用科学体制改革的过程中有进一步协调的必要，否则难于赶上最近10余年来国际上飞速进展的步伐。从1988年首例非综合征性耳聋基因定位以来已有150余个遗传性聋基因被定位，约70个基因被克隆。遗传性聋研究的最新资料还提示，获得性聋（药物中毒性聋，噪声性聋及老年聋等）很可能是环境因素与遗传因素综合作用的结果，这是今后值得着重探索的课题，将有可能开创耳聋防治的全新局面。耳鼻咽喉科学界与分子生物学和遗传学界的合作研究还使得我们对听觉机制的了解更加深入，这方面最突出的例子是近几年对内耳K+ 循环通路的新认识和2000年发现了产生外毛细胞能动性的分子马达——蛋白质Prestin。可以说遗传性聋的分子病因研究是基础科学与临床研究相结合的典范，随着时间的推移，这一结合的重要意义将会日益显现出来。
临床研究连续性不够也反映在长期随访率低。应用喉癌肿瘤标本进行有关喉癌生物学特性的研究，我国目前报道的标本数量虽有2 000余例，但有3年以上随访的不足1/3。如果仅以有无淋巴结转移作为预后指标，难以得出有分量的结果。如146例被检测者中，74例有2年以上的随访，发现肿瘤组织中上皮生长因子受体阳性者存活率下降具有统计学意义的结果；而总数为357例的肿瘤组织中检测抑癌基因p53的突变，其中只有不到1/3的患者有2年以上随访，随访发现喉癌组织中p53阳性者生存期短，预后差。同一分期属同一类病理分化程度者可以有不同的预后，以及颈部淋巴结转移、全身转移及影响第二个原发癌发病的因素，都需要长期随访才能做出判断。因此在研究开始之前，就应重视长期随访的问题。
20余年来，国内耳科学界临床医师与基础研究学者通力协作，并与工程技术学科密切合作，长期执着地进行国产电子耳蜗的研究，并下大力气将科研成果转化使之尽快地应用于临床。这些优秀例子足以垂范每一位耳鼻咽喉-头颈外科基础研究的学子。