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根据国家自然科学基金委员会（NSFC）与日本学术振兴会（JSPS）双边合作协议，2013年双方将共同资助10个合作交流项目（执行期限2013年4月—2015年12月）和4个双边研讨会。经过双方分别评审和共同商定，以下14个项目获得批准：
合作交流：
| 序号 | 科学部编号 | 项目名称 | 申请人 | 依托单位 | 日方合作者 | 日方单位 |
| 1 | 112111126 | 高能量密度等离子体的实验与天文观测的光谱模拟 | 王菲鹿 | 中国科学院国家天文台 | Shinsuke Fujioka | 大阪大学激光研究所 |
| 2 | 112111134 | 新型磁电阻复合材料及其应用 | 刘东屏 | 中国科学院物理研究所 | Yasuo Ando | 东北大学 |
| 3 | 212111107 | 二氧化碳作为促进剂及合成子在化学反应及高附加值化学品合成中的有效利用 | 赵凤玉 | 中国科学院长春应用化学研究所 | Masahiko Arai | 北海道大学 |
| 4 | 312111163 | 蜱与蜱传原虫病控制的中日国际合作研究 | 周金林 | 中国农业科学院上海兽医研究所 | Hiroshi Suzuki | 带广畜产大学原虫病研究中心 |
| 5 | 412111092 | 东亚地区大气长距离输送过程中黑碳颗粒的老化机制及其光学特性 | 李卫军 | 山东大学 | Daizhou Zhang | 熊本县立大学 |
| 6 | 512111132 | 相变浆体固/液两相非平衡流动与传热特性和机理研究 | 张鹏 | 上海交通大学 | Hiroshi Suzuki | 神户大学 |
| 7 | 612111116 | 叠层有机光电器件的界面调控及性能优化研究 | 李艳青 | 苏州大学 | Satoshi Kera | 千叶大学 |
| 8 | 612111142 | 微创手术机器人多感知反馈技术合作研究 | 谢叻 | 上海交通大学 | Wenwei Yu | 千叶大学 |
| 9 | 712111042 | 基于能值分析的中日产业生态系统绩效对比研究 | 耿涌 | 中国科学院沈阳应用生态研究所 | Tsuyoshi Fujita | 国立环境研究所 |
| 10 | 812111378 | “迷你型塑造”的骨形成机制研究 | 李敏启 | 山东大学 | Norio Amizuka | 北海道大学 |
双边研讨会：
| 序号 | 科学部编号 | 项目名称 | 申请人 | 依托单位 | 开会地点 |
| 1 | 112111123 | 算术几何新进展 | 印林生 | 清华大学 | 日本 |
| 2 | 112111133 | 第七届中日数论会议 | 刘建亚 | 山东大学 | 日本 |
| 3 | 112111124 | 中日磁性表面和薄膜暨新型自旋表征技术研讨会 | 吴义政 | 复旦大学 | 中国 |
| 4 | 812111366 | 神经系统肿瘤和退行性疾病的放射性核素显像及靶向治疗进展 | 赵晋华 | 上海交通大学 | 日本 |
详情请见：2013年度国家自然科学基金委员会与日本学术振兴会合作项目批准通知