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7月5日，医学部2006届研究生毕业典礼暨学位授予仪式在会议中心礼堂隆重举行。全国人大常委会副委员长、中国科协主席、医学部主任韩启德院士，北京大学常务副校长、医学部常务副主任柯杨教授，北京大学党委常委、医学部党委书记敖英芳教授，医学部副主任刘玉村教授、李鹰教授、方伟岗教授、姜保国教授，医学部党委副书记马焕章教授等医学部领导和各院、所及教学医院领导参加了毕业典礼。中国科学院院士童坦君教授应邀出席典礼。毕业典礼由刘玉村副主任主持。
北京大学常务副校长、医学部常务副主任柯杨教授介绍了2006年毕业研究生和在职申请学位人员的情况：
1、医学部2006年应届毕业研究生共计478人。博士毕业生257人，其中医学科学（理学）学位博士毕业生147人，临床医学/口腔医学博士专业学位毕业生110人；硕士毕业生221人，其中医学科学（理学）学位硕士毕业生150人，临床医学/口腔医学硕士专业学位毕业生71人。
在2006年应届毕业生研究生中，评选出北京大学优秀毕业生50名。
2、2006年获得学位的在职申请学位人员共计174人。其中医学科学（理学）博士学位5人，临床医学/口腔医学博士专业学位44人；医学科学（理学）硕士学位36人，公共卫生、临床医学/口腔医学硕士专业学位89人。
3、2006年获得博士学位研究生共发表论文277篇，其中SCI论文119篇，影响因子最高为12.386。研究生在科研工作中取得了较好的成绩。例如，基础医学院生物物理专业应届博士毕业生曾柱同学从学科交叉的角度对树突状细胞的生物物理和微观流变学特性进行了研究，发现树突状细胞生物物理和流变学特性从某种意义上决定了免疫应答的结果。其结果在治疗肿瘤和一些自体免疫疾病方面具有重大的基础研究和临床意义。这一研究结果在去年6月举行的第12届国际生物流变学大会和第5届国际临床流变学大会上，获得了专门为奖励在生物流变学领域内具有杰出贡献和创新性研究的青年学者而设立的“Chien-Fung奖”。曾柱同学成为国内唯一获此殊荣的青年学者。其论文发表在美国的《Cell biochemistry and biophysics》杂志上（IF：3.185），引起了国际同行的高度重视。
4、截止到2006年6月30日，478名毕业研究生中已有461名落实了毕业去向。其中384人就业；继续深造（出国留学、进入博士后，考取国内博士生）57人；留学生回国等其他8人。
毕业研究生就业地区遍布全国26个省、市、自治区和直辖市。在384名参加就业的毕业研究生中，有275人在北京地区就业；有109人在京外就业，其中13人在西部地区就业。
今年，医学部毕业研究生就业率仍维持较高水平，一次就业率达93.9%，其中博士毕业生一次就业率为95.3%。
其后，医学部常务副主任柯杨教授向所有2006届毕业的研究生表示热烈祝贺。
基础医学院的博士毕业生曾柱同学、北京大学第一临床医院的硕士毕业生乔清同学分别代表毕业研究生发言。同学们除了表达对母校、对师长的感激、惜别之情外，还表示：“今日我以北医为荣，明天北医以我为荣。我们将在母校的注视下，以北医人特有的风格，去投身社会，服务社会，奉献青春，实现自我。我们一定会踏踏实实做人，认认真真做事，无愧于北医对我们的培养，为母校争光！”
教师代表科学院院士童坦君教授结合自己的成长经历，劝诫毕业的学子们要珍惜今天所拥有的一切，同时在今后的工作中要学习一些哲学、辩证法知识，这样可以使大家在春风得意时能够不头脑发晕；在遇到挫折时，能够咬紧牙关、自强不息。对即将毕业的年轻学子们，童院士表示衷心的祝贺，并道出自己的人生信条与大家共勉：“不怕慢，就怕站”，“勤勤恳恳做人，踏踏实实做事”，要把个人命运与国家命运联系起来。
医学部主任韩启德院士首先向即将毕业的2006届研究生们表示最热烈的祝贺。他强调：近年来，医学部的科学研究进步很快，这些成就的取得在很大程度上依赖于研究生们的科研攻关，研究生是北医科研的主力军。现在研究生们即将毕业，他们的学生涯刚刚结束，同时也代表着他们的科研生涯刚刚开始。
根据研究生的特点，结合目前国家提出的建立创新型国家的战略目标，韩院士指出自主创新需要脚踏实地、一步一步地去完成它，并从宏观的角度提出几点看法，勉励毕业生：一是要有自主创新要有良好的精神状态，自强不息、合而不同、不怕艰难困苦的精神是科技创新的重要因素之一，而且现在的科研条件和建国初期研制“两弹一星”、大庆油田开采相比优越了很多，精神面貌是最重要的；二是要从中国国情出发，从实际需要出发，我们的自主创新有很大的空间；三是要做出一流的成果，就必须拓宽自己的基础，特别是学科基础，要有学科交叉，如果只专心于自己所学专业就很难做出原创性的成果；四是要加强医学与人文的联系，医学要有深厚的人文基础，这不仅有利于医患的关系，也有利于医学的发展；五是要加强学风建设，科学是一种文化，是对规律、事实、真理的追求。因此，不能心浮气躁，急功近利。从长远来看，追求科学真谛，追求真理的人才能在科研路上走得最远。希望大家要从长计议，不要为了一时一事的出风头、出成绩，去做一些不真实的事情。
最后，韩院士语重心长地寄语毕业研究生学子，希望出国深造的学子记住“你身体里流的永远是中华民族的血液，祖国永远在你的后面”，并鼓励他们学成后归国；对到其它单位工作的学子，希望他们能把北医的良好风气带到工作岗位上，在工作中展现北医学子风采；对留在北医工作的学子，希望他们能破除出国就最好的迷信，在北医的环境里做出创新成果。
致词结束后，韩启德院士、柯杨常务副校长为2006届毕业研究生逐一拨穗并颁发学位证书，全场再次掀起高潮。
毕业典礼在“北医之歌”中结束。医学部领导与毕业生合影留念。