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原全国人大常委会副委员长、中国医学科学院北京协和医学院名誉院校长吴阶平，卫生部党组书记、副部长高强，教育部副部长吴启迪、中国工程院常务副院长潘云鹤、卫生部副部长刘谦，以及卫生部、教育部、科技部、国家发改委、财政部、中国工程院、北京市、北京市委教育工委等有关部委的领导参加了庆祝大会。参加大会的还有美国约翰斯·霍普金斯医学院、香港中文大学、美国密西根大学、日本熊本大学、台湾长庚大学以及来自澳大利亚、法国、英国等国家的著名大学的校长和医学研究机构的领导以及驻华大使馆参赞；美国中华医学基金、洛克菲勒基金会、洛克菲勒兄弟基金会的主席和理事；京内外20余所著名医学院校、科学单位和医疗机构的领导等。
庆祝大会由中国医学科学院北京协和医学院副院校长李立明主持。
卫生部副部长刘谦宣读了国务院吴仪副总理、陈至立国务委员发来的贺信。
吴仪副总理在贺信中说：欣悉北京协和医学院喜逢90华诞，特致此信表示热烈祝贺！并向全校师生员工致以诚挚问候！九十年来，北京协和医学院以悠久的办学历史、优良的教学传统和鲜明的办学特色名扬海内外，培养造就了一大批享誉中外的临床医学家、医学教育家、医学科学家、护理学家和医政管理学家，开创了我国医学领域众多学科，取得了丰硕的科研成果。北京协和医学院与中国医学科学院医教研紧密结合，在我国医药卫生科技创新体系建设中发挥着十分重要的作用，为我国医学教育科研和卫生事业的改革与发展做出了贡献。希望北京协和医学院全体师生员工全面落实科学发展观，大力弘扬“严谨、博精、创新、奉献”的协和精神，团结拼搏，开拓创新，为创建世界一流医学院和医学科学研究创新体系，为不断提高广大人民群众的健康水平努力奋斗，做出新的更大的贡献！
陈至立国务委员在贺信中说：值此你院建院90周年之际，谨向全院师生员工和海内外校友致以热烈的祝贺和亲切的问候！创建九十年来，你院恪守医学精英教育理念，积淀了深厚的文化底蕴，培育了大批优秀医学人才，为中国现代医学的发展作出了重要贡献。新中国成立后，学院认真贯彻党的教育方针，以“严谨、博精、创新、奉献”的协和精神，锐意进取，开拓创新，逐步形成了集教育、科研、医疗于一体，教研相长、相互促进的办学特色，在医学人才培养、医学科学研究和医疗卫生服务等方面取得了累累硕果，成为我国科教战线和卫生领域的重要力量，为国家经济建设和社会发展发挥了积极的作用。希望你们以90周年院庆为契机，积极践行“三个代表”重要思想，全面贯彻落实以人为本的科学发展观，弘扬传统、突出特色，深化改革、不断创新，勇攀高峰、再创佳绩，为建设创新型国家、实现全面建设小康社会的宏伟目标作出新的贡献！
大会展示了全国人大常委会韩启德副委员长为院校的题词：“传承协和精髓，创新医学教育”。
中国医学科学院北京协和医学院院校长刘德培院士在大会上致辞后，卫生部党组书记、副部长高强和教育部副部长吴启迪讲话。美国CMB基金会理事会主席Mary Brown Bullock女士、美国Johns Hopkins大学校长William Brody先生、英国MRC前任主席Colin Blakemore先生和清华大学、北京大学医学部领导及协和校友、教师、学生代表先后在大会上发言。
此次院校庆祝活动为期两天，除庆祝大会外，还分别举行 “医学教育研讨报告会”、“重大疾病研究报告会”、“协和的历史、现状和展望报告会”以及学校创始人洛克菲勒雕像建成揭幕仪式等内容，庆祝活动注重简洁、隆重，突出学术氛围。