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根据《中文核心期刊要目总览》编委会通知，《南京中医药大学学报》入编《中文核心期刊要目总览》2008年版。
2008年由北京大学图书馆牵头对中国中文核心期刊进行了4年一度的重新评选，中国科学院国家科学图书馆、中国社会科学院文献信息中心、中国人民大学书报资料中心、中国学术期刊（光盘版）电子杂志社等相关单位的百余位专家参加了研究工作。进一步改进了核心期刊定量定性相结合的评价方法，使之更趋科学合理，使评价结果更符合客观实际。此次评选工作共涉及期刊12400余种，最终入选期刊1980余种。《南京中医药大学学报》列中国医学类核心期刊中第13位。
同时，在2008年度全国高校学报研究会举行的优秀学报及优秀编辑部评选活动中，《南京中医药大学学报》编辑部被评为“2008年高校科技期刊先进集体”。