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历经一个半月积极准备、奋力拼搏，12月5日，由上海市教委副主任王奇、上海市卫生局副局长蔡威、和上海医药高等专科学校校长巫向前共同组成的上海市国家级示范性高等职业院校建设项目申报答辩团，在上海市教委高教处副处长许涛、学校党委书记王馥明、副书记沈岳奋等陪同下顺利完成答辩，为本次建设申报工作划上了圆满的句号。
根据《教育部、财政部关于实施国家示范性高等职业院校建设计划加快高等职业教育改革与发展的意见》和《教育部办公厅 财政部办公厅关于做好2006年度国家示范性高等职业院校建设计划项目申报工作的通知》要求，经各地推荐，教育部、财政部联合组织专家评审，已确定了上海医药高等专科学校在内的全国28所院校为“国家示范性高等职业院校建设计划”2006年度立项建设院校。
为顺利开展首批“国家示范性高等职业院校建设计划”立项项目建设工作，国家示范性高职院校建设工作办公室于2006年12月11日至13日在北京召开了国家示范性高等职业院校建设方案研讨会。参会人员是06年度立项建设单位的院长、教学副院长、教务处长和财务处长等，教育部高教司刘桔副司长和高职高专教育处范唯处长主持了整个研讨会，高教司张尧学司长到会并作了重要讲话，教育部、财政部相关司、处的领导也在会议上提出了意见和要求。上海医药高等专科学校参会的是巫向前校长、章雅青和毛狄庆副校长，以及教务的胡颂恩和财务的徐增增，巫向前校长也受邀在大会上就学校的建设方案作了交流发言。
建设方案研讨会主要通过领导讲话、专家论谈与解析、个案介绍与点评、分组学习与讨论、大会交流和互动等有效形式，紧紧围绕立项建设项目实施工作、建设方案的修订与再论证、建设任务书的填报、经费的使用与管理、示范性高职院校建设立项项目其他相关工作的布置等五大方面，展开深层次的研讨和实质性的培训。
本次会议使学校进一步深刻理解建设示范性高职院校的重大意义、示范性高职院校应起的作用和举办研讨培训的真正目的，清晰地认识到该怎样按照要求的时间节点把建设工作做的更符合要求。短短两天，学校深感肩上所承担的神圣使命和巨大的责任与压力，惟有把示范性院校建设好的义务和责任，而没有任何推委或寻找失败理由的权力。任重而道远，学校干部员工会积极行动，脚踏实地，以前所未有的高度责任感和使命感，义无返顾地全身心投入国家示范性高职院校的建设，决不辜负国家教育部、上海市教委和交大医学院对上海医药高等专科学校的期望和重托。