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为了贯彻落实教育部、财政部联合发出的《关于实施高等学校本科教学质量与教学改革工程的意见》精神，认真做好由教育部和卫生部联合组织的“医学教育认证”的准备工作，确保医学教育质量，上海交通大学医学院于2007年11月初向各下属学院发放了医学教育认证（部分指标）评估征询表，了解各学院的现状及建议。12月11日至12月18日，医学教育发展与研究中心组织专家对9个学院进行了一次评估认证“对口互查”，同时还抽查了2家专科医院。专家们先后核查了相关学院已填写的认证评估征询表，互查了这些学院教学计划的执行情况、学生成绩评定情况、教学督导和教学管理情况，走访了这些学院的教学办公室、主干教研室、教室、实验室、实训基地及学生宿舍等，还分别召开了教师座谈会、学生座谈会和管理人员座谈会，广泛听取各方的意见与建议。
12月21日，医学教育发展与研究中心举行了评估认证“对口互查”小结会，专家组组长朱明德教授主持了会议，相关学院的专家组代表分别汇报了“对口互查”的情况。总体来说，本次“对口互查”调动了相关学院的积极性，增进了相互之间的了解，和交流，还为对口学院相互间取长补短创造了平台，深受这些学院的好评。朱明德教授作了总结性讲话，他建议应更新教育思想与理念，加强医学生的自学能力和临床基本功训练；他还建议加快系部建设的步伐，发挥系部在组织、实施教学工作的能力。黄钢副院长参加了会议，他在讲话中感谢各学院出色的工作，要求各学院将教学质量放在核心的位置，注重内涵建设，构建完整的教学体系；他还强调要加强师资队伍培训和考核，保证优质师资从事教学工作；他还指出要加大教学改革和教学研究的力度，争取产出一批国内领先的教学成果，为“两个一流”建设多作贡献。