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我国消化病学的重要开拓者之一、附属仁济医院终身教授、上海市消化疾病研究所名誉所长萧树东教授，因病医治无效，于2016年7月22日17时08分在仁济医院逝世，享年86岁。
7月28日下午1时于龙华殡仪馆大厅举行了萧树东教授告别仪式，仁济医院院长李卫平致悼词，党委副书记闵建颖主持告别仪式，萧老之子肖洪代表家属致答谢词。上海市干部保健局局长韩慰军，中国科学院院士、上海交通大学副校长、医学院院长陈国强，上海医学会常务副会长兼秘书长颜世洁，仁济医院党委书记郭莲，老领导范关荣、欧阳仁荣，医院全体院领导，全国消化界各位同仁以及萧树东教授生前同事、学生及亲朋好友等近千人前往吊唁并出席告别仪式。
告别大厅内摆放着上海市委常委、浦东新区区委书记沈晓明，中国工程院院士、瑞金医院终身教授王振义，全国人大常委、浙江省人大副主任委员、浙江省医学会消化内镜分会主任委员姒健敏等送来的花圈，祭悼并敬献花圈的还有上海市教育委员会等政府机关、高校、医疗机构等百余家单位与团体。
萧树东教授去世后，国内外各界人士纷纷发来唁电，包括世界胃肠病学组织主席David Bjorkman，前世界胃肠病学组织主席Eamonn Quigley，荷兰阿姆斯特丹医学中心主任Guido N J Tytgat，中国工程院院士、香港中文大学校长沈祖尧，中国工程院副院长、第四军医大学西京消化病医院院长、中华医学会消化病系分会前任主任委员樊代明，中国工程院院士、上海市肿瘤研究所名誉所长顾健人，中华医学会继教部主任游苏宁，中华医学会消化病学分会前任主任委员潘国宗、现任主任委员杨云生、侯任主任委员陈旻湖等。
树德立魂辛勤耕耘为病患，东升旭日杏林春暖吐丹心。萧树东教授从医六十余年，富饶宝贵的学术贡献和仁术济世的大医风范永远值得我们学习、值得我们尊敬、值得我们缅怀。