饶毅的身上集合了各种角色：享有国际盛誉的神经学科学家；在中国最著名的北京大学推行改革的院长；对饱受诟病的中国科研体制一直保持冷静关注的观察家。
饶毅发现，自己不满足于只做一个泡在实验室和文献中的研究员。“除了做好本职，知识分子对其他问题也要有自己的看法，起一点作用。”
他最富争议的一篇文章是２００５年在英国《自然》杂志“中国之声”增刊上刊登的《中国科技需要的根本转变：从传统人治到竞争优胜体制》。在这篇评论中，他对中国政府的２００６－２０２０年中长期科技规划表示质疑，并直言不讳地提出了自己的建议。
但４７岁的饶毅觉得自己很简单。“我其实只想做一些对未来有用的事情。而且生活也是很有趣的。只有让你感到愉悦的事情，你才能把它们做好。”
饶毅１９６２年生于华东江西省的一个知识分子家庭。１９７８年参加高考时，他就立志要成为一名“对人类有用的科学家”。
当时，“文化大革命”刚结束，整个国家都置身于“科学的春天”中，希望藉此解放囚禁人们头脑和生产力的枷锁。
饶毅希望能去合肥的中国科技大学攻读物理和数学，但事与愿违，他被江西医学院录取了。
五年后，他考取了上海医学院的研究生。毗邻学校的上海生命科学院活跃的
学术氛围给当时站在科学之路上打望的他提供了许多大开眼界的机会。
“外国科学家高质量的演讲和讨论让我知道了什么是好的科学，而且也清楚地看到了中国和西方在科研方面的巨大差距。”
他的兴趣点最终锁定在当时的新兴学科分子神经生物学上，并于１９８５年前往美国加利福尼亚大学旧金山分校，攻读硕士和博士学位。在这里，他开始接触到各种跨学科的顶尖研究，包括
遗传学、发育生物学、结构生物学和病毒学等。“这所学校的学科整体性强，因此它的学术训练对我的影响很大。”
“除此之外，这些科学家对待科学的态度也深深影响了我——他们认为科学是有趣的。这跟中国人所认为的科学家就应当成天严肃的偏见形成了鲜明对比。”
也许受其父亲的影响，饶毅的性格中有很独立的一面，这一点在当时的中国不受欢迎，但在旧金山得到了进一步的发展。“科学要求创新，不可能复制别人的东西，也不能依赖别人。这跟我的性格很吻合。”
５年后，饶毅一篇有关果蝇大脑基因的
论文在《自然》杂志发表，宣布了他科学生涯的开始。
毕业后，他前往哈佛大学进行博士后研究。“我并不认为哈佛对我的学术有很大的用处，不过我听了许多其他东西，包括俄罗斯的历史，还有艺术电影。除了科学，还有那么多有趣的东西。”
离开哈佛后，饶毅得到了圣路易斯华盛顿大学任教聘书，并拥有了自己的第一个实验室。从执教开始，他开始了解专业主义。“在中国，私人关系经常能超越公事公办的界限，但在美国很难看到这种情形，二者分得很清楚。”
饶毅还发现，在这所神经科学很强的大学里，同事间的关系也不太一样。“他们极少说别人坏话。”
在后来的十几年中，饶毅经常回国，在中国科学院开课。他对中美在科研环境方面的差别有了更深刻的了解。
１９９９年，饶毅协助著名神经生物学家蒲慕明等组建中国科学院神经科学研究所，其宗旨是建立一个“现代化研究所”的机制，提供一个有助于严谨科研工作、高效科研产出、良性科研合作的环境，实现“以业绩为准”的激励和资助评估系统。这个新研究所的一个重要特色是，成立了由著名神经生物学家组成的国际顾问委员会，进行定期的国际同行评议，以提高中国学者的科研水平。
饶毅继续观察中国的科研体制，并不断发表看法，其中包括他和中国科学家鲁白、邹承鲁合写的那篇《中国科技需要的根本转变：从传统人治到竞争优胜体制》。
饶毅在文中批评行政机关对科技经费的控制过度，建议设立一个总理科技办公室，取代科技部，从而使科学家获得更多的自由，而不是被官员们的经费牵着走。
他写道：“如果科技
管理还是计划时代的产物，没有根本的变革，中国科技进步就会被体制延缓……对于国家领导人来说，建立良好的科技体制，让中国国内优秀科技专业人才发挥创造性，专心在他们的专业上做出成就，是比具体科技大课题更重要的课题。”
饶毅认为他是一个“批判性的建设者”。他欣然地看到，中国的科学虽然还有许多问题，但已经在慢慢走上正轨了。
但在饶毅看来，中国的教育需要进行更加紧迫的改革。“创造能力和个性品格的培养，中国目前是有显著缺陷的。由中国中小学教育提倡、培养和选拔出来的‘好学生’的心态、习惯和行为模式，在进入到科学研究前沿时，将暴露出很大问题。从更广泛的社会需求来说角度看，只会做‘好学生’很难适应社会需求。”他说。
２００４年，饶毅收到北京大学的邀请，请他出任生命科学学院院长一职。
在考虑好要回国以后，认为教育有更多要改进的地方，饶毅于２００７年回国。那时，饶毅已经在美国西北大学做了三年的教授。“许多朋友表示不解，但中国正在经历一个‘指数增长级’的阶段，回国的意义会更大。我们有不完美的地方，但我们可以一起努力，一步步地往更好的方向走。”
在他的带领下，学院在教学、科研、文化构建和管理模式方面都进行了一系列改革。饶毅说，最终的目标是建设一所国际一流的生命科学学院，并让学生们在国际舞台上具有竞争力。
他发现，目前的生物教学模式剥夺了学生对科学不确定性的探索，扼杀了他们的创造力。例如，在实验教学中，老师只有在一个实验有八成至九成把握的情况下才会去做。
饶毅打破了这个规定，要求老师提出真正有探索性的实验。比如，本科二年级学生就被要求做一项有关动物生殖老化的实验，寻找高龄雄性和雌性动物能否生孩子的可能。这些研究没有既定框架，结果和理解都具有不确定性。
同时，学院大量增加学术报告、科学文化讲座。饶毅说：“学院致力于建设一种既能获得智力刺激、同时又可保持愉悦心情的文化环境，鼓励大家开展意义深远和创新性强的科学研究，并做出重要发现。”
他还在学院的管理方面实施了一系列新的举措。以往的“近亲繁殖”被同行评议所代替。例如，北大生科院的一个实验室有人退休，按照以往的做法，他会选一个年轻人接替自己，从而将实验室保留下来。但饶毅的做法是采用同行评议，完全根据学科的发展来决定实验室的去留。对科研的长效评估机制取代了逐年评估的繁冗程序，从而鼓励研究人员真正投身于科学。由教授们组成的专门委员会开始在仪器
采购、课程设置等方面享有发言权。
饶毅说：“我们的教育应该以寻求中国未来为目标，并提供达到目标的教育途径。”
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