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和微生物打了几十年交道，上海交大基础医学院副院长郭晓奎教授对细菌的看法和普通人很不一样。看到电视里的杀菌牙膏广告，一般人也许会对牙膏“横扫”菌群感到高兴，但郭教授却不以为然：“如果把口腔的细菌都杀死了，也许反而更不利于健康。”
在郭晓奎看来，细菌和人是一种“亦敌亦友”的复杂关系。
这种复杂性也可以从郭晓奎担任的学术职务上看出端倪：上海市微生物学会副理事长、上海市食品学会乳酸菌专委会副主任委员、中华预防医学会微生态分会副主任委员……
郭晓奎既研究致病菌，也研究益生菌这类“好细菌”；但他更愿意从“微生态”的角度理解人体内细菌。所谓生态，就是你中有我、我中有你，少则缺，多则过。
“坏细菌”并非一无是处
科学家对于细菌的看法，也就是在近二三十年才发生转变。郭晓奎从本科开始就学习微生物。他回忆说，上世纪八十年代，大学里教的关于细菌的内容，依然是“二元论”。
当时的主流观点认为，和人接触的微生物，几乎都有害；反过来，微生物可以为人所用，但仅限于工业领域，比如用来处理污染、开发新药青霉素就是一种细菌的代谢物。
但到了上世纪九十年代，科学家们逐渐认识到，细菌与人是一种共进化、共发育的关系。最初人们认识到，调节肠道菌群能缓解腹泻。随后越来越多流行病学调查揭示，一些有害微生物也有积极的一面。比如，幽门螺旋杆菌通常被认为是胃病的元凶，但流行病学研究发现，阴性人群的上消化道疾病患病率会增高。
当时，学术界尝试从“微生态”的角度重新审视微生物与人的关系，郭晓奎正是国内第一批省市级“微生态学专委会”的创立者之一。
郭晓奎说，传统上了解细菌十分困难，肠道内有成百上千种微生物，但大部分都无法体外培养。而且每个人的菌种组成都不同，难以量化研究。
转机随基因测序技术的进步而出现。通过为肠道菌群绘制整体的基因图谱，科学家第一次能较为准确地描述出每个人个性化的菌群组成，进而，再与被调查者的健康状况对比，找出统计相关性。一些研究已有眉目，比如科学家发现，人体免疫系统的发育依赖于菌群的发育，菌群构成不仅影响肠胃，还与糖尿病、肥胖症相关，甚至还能影响精神状态有证据表明，抑郁症患者的菌群构成具有某些特征性。
郭晓奎说，人体大约有一万亿个细胞，但体表生活着的细菌比细胞多10倍。有人提出，这个特殊的世界堪称是在神经、消化、循环等九大系统之外的第十个系统。甚至有人认为，菌群基因组相当于人的第二套基因组。
对细菌“亦敌亦友”的看法，自然就从这些新发现中萌生出来。郭晓奎说，人毛孔里生活着许多无害细菌，就像一道生物屏障。如果把它们全杀死，致病菌反而容易趁虚而入。
“好细菌”也得小心防范
郭晓奎本人也得感谢基因技术的发展。他的“主业”是从分子生物学角度研究一种名为“钩端螺旋体”的致病微生物。该项目已连续获得国家自然科学基金和科技部“863”计划的资助，并取得了一系列国际认可的成果。
但除了“坏细菌”，他对“好细菌”也很有兴趣在益生菌的安全性评价领域，他被公认走在国内前列。而这项研究，同样要感谢基因组技术。
正如对“坏细菌”的理解需要修正，科学界对益生菌作用的复杂性认识也不很充分。按词典定义，益生菌就是对人体完全无害的细菌。乳酸菌、双歧杆菌等常被印在酸奶包装上的名字，就是最常见的益生菌。
郭晓奎说，益生菌的安全性评价一直不足，甚至国际上也是如此。到了国外，由于食品工业常“习惯性地”直接从国外引进菌株，其安全性评价通常是借鉴国外的结果。但人种不同，细菌作用的结果也未必一致。研究表明，某些益生菌对某些人群，有很低的概率产生副作用。
郭晓奎在一篇论述益生菌的论文中写道，各种关于益生菌研究的文章都用“非常安全”来形容，这一现象本身说明对益生菌潜在危害认识不足。
郭晓奎说，益生菌最大的潜在危害可能是耐药性转移。市售益生菌耐药性具有一定的普遍性，分子生物学研究发现，这些活菌进入人体后，肠道菌群会与之发生基因交换，从而“继承”其耐药性。在研究中，郭晓奎基于基因组序列建立了一套益生菌安全性的评价方法。他说，10年前做一个菌株的测序也许是天价，如今已降至数万元。近年来，无论是在论文中还是在学术会议上，他一直呼吁国内重视益生菌的安全隐患。他说，中国益生菌市场发展非常快，但企业出于其利益，更侧重研究其功能。但如果长期忽视耐药性问题，“超级细菌”的威胁很可能加剧。