新一代蛋白结构预测技术

        《Nature  Chemical  Biology》杂志在线版一篇文章介绍，伊利诺斯州立大学John  A.  Gerlt博士率领的研究小组研制出一种新途径，能够确定氨基酸序列已知的蛋白的结构和功能。

        这是首次利用计算机程序，根据蛋白的氨基酸序列精确预测蛋白功能。Gerlt等的“in  silico”预测结果被实验室酶分析和X射线结晶学手段所证实。

        研究过程大致为搜寻序列已知的蛋白的数据库，寻找氨基酸序列与未知蛋白的氨基酸序列具有很大同源性的蛋白，然后根据搜索到的与未知蛋白最为贴近的蛋白的三维结构，分析未知蛋白的功能。这种方法提高了鉴别功能未知蛋白的生物学作用的工作效率。

        研究小组利用这种同源模型中得到的结构数据，进行计算机化的分子对接实验（docking  experiments，生物通编者译），快速评估是否未知蛋白偏向于结合任何潜在靶标分子或底物。确定与目的蛋白相结合的底物对于了解蛋白功能非常重要。Gerlt说，不需要对3万个成分进行（实验室）研究，确定它们是否为底物，利用这种方法你只需要对10种成分进行实验。

        研究人员以烯醇酶超家族为研究模型，此超家族有3000多个成员，其中绝大部份的功能不是研究的非常清楚。烯醇酶催化葡萄糖及相关成分降解为代谢所需的其它分子，它们采用相似的催化机制，但作用底物不同，因此很难检测它们的功能。（新研究发现某个烯醇酶蛋白家族的分类是错误的）。Gerlt与其同事推测他们创立的计算法能够更有效地研究这些蛋白和其它未知蛋白的功能。（生物通  小粥）



注：In  silico是生物信息学的新名词，是相对应于in  vivo（体内）与in  bitro（体外）而产生的新名词，强调使用计算机来解决生物学问题。In  silico生物学是生物学与信息学的交叉学科，是产同的实验室研究在in  vitro  和in  vivo的合理的继承者。