HIV-1的Vpu蛋白突变体穿膜区的计算机分析

2005年09月29日 Biochim Biophys Acta. 2005 Sep 8; [Epub ahead of print] 11 Vpu是由HIV-1编码的81个氨基酸的膜整合蛋白。它的alpha螺旋穿膜(TM)结构域(大约是6-28号氨基酸)通过自身寡聚体化聚集成束，在细胞膜上形成离子传导通道，增强病毒体的释放。它的胞浆区(大约是29-82号氨基酸)也是alpha螺旋结构的，能够结合在跨膜蛋白CD4上诱导CD4的降解。TM结构域上的突变可以促进被感染细胞的粒子释放(Tiganos et al. Virology (1998) 251 96-107)。关于Vpu突变体的单体，五聚体，六聚体的计算机模型都被建立起来并被模拟植入充分水合的双分子脂膜结构中，还进行了3纳秒(ns)的分子动力学模拟。模拟结果表明所有的突变体的二级结构和三级结构上都不具有失稳效应。他们发现一个突变体，突变发生在TM结构域里的色氨酸置换，它不会引起CD4降解，接着他们建立了一个关于这个突变体的扩展模型，并在随后的分子动力学模拟中证实了TM结构域和一部分的胞浆区伸展开来了，形成了一个包含37号赖氨酸在内的络盐桥(complex salt bridge)。