推测组蛋白修饰与基因表达关系

组蛋白修饰是调控基因表达的重要表观遗传学机制，在保持胚胎干细胞的全能性以及癌症的病理过程中起到了重要的作用。不同的组蛋白修饰有可能组成复杂的“组蛋白编码”。

  

近两年来,高通量的染色体免疫沉淀结合全基因组DNA芯片或新一代短序列测序技术（“ChIP-chip”和“ChIP-seq”）产生了高清晰度的人类全基因组上的诸多组蛋白修饰位点。韩敬东研究组在此基础上，利用贝叶斯网络推测组蛋白各种不同修饰和基因表达之间的因果关系及组合关系。该方法在PcG复合物和H3K27me3的数据上进行测试，所得结论和现有的实验结果一致。组蛋白各种不同修饰和基因表达之间建立的贝叶斯网络具有很好的交叉验证结果。它不仅吻合很多已知的组蛋白与基因表达的关系（如H3K27me3抑制基因表达，H3K4me3促进基因表达，以及这两种修饰的共同影响），而且发现了许多新的组蛋白修饰和基因表达之间的关系，以及组蛋白修饰相互之间形成的逻辑关系。

  

该工作为人们认识不同组蛋白修饰之间的复杂关系及其对基因表达的影响提供了一个新的视角，同时也为该领域提供了一种十分重要的研究方法，是破译复杂的“组蛋白编码”研究方面的重要进展。该结果已经发表在《基因组研究》（Genome  Research）上。