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如何利用外显子测序分析家族基因

来源:生物通
摘要:2010年Science十大科学突破之一就是有关外显子测序的,外显子是人类基因的一部分,包含着合成蛋白质所需要的信息。全部外显子,称为“外显子组”(exome),只占人类基因组的百分之一。由于这种测序方法测定外显子序列只需针对外显子区域的DNA即可,因此远比进行全基因组序列测序更简便、经济,目前吸引了许多科学家从事......

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2010年Science十大科学突破之一就是有关外显子测序的,外显子是人类基因的一部分,包含着合成蛋白质所需要的信息。全部外显子,称为“外显子组”(exome),只占人类基因组的百分之一。由于这种测序方法测定外显子序列只需针对外显子区域的DNA即可,因此远比进行全基因组序列测序更简便、经济,目前吸引了许多科学家从事这方面的研究,成为了现阶段基因测序工作的重心之一。



来自维克森林大学(Wake  forest  University)医学院等处的研究人员利用Illumina的GA  IIx基因分析系统(免费索取相关技术资料>>  >>  ),通过外显子测序方法识别出了IRAS家族中ADIPOQ基因的一个罕见突变基因,为家族基因研究提出了一种新颖有效的方法。



家系连锁分析(family-based  linkage  analysis)是识别遗传性单基因模式的基因的一种有效工具,但是这种方法不能用于分析复杂性状的基因表型,而寻找复杂性状有关的变异基因则比较容易。目前科学家们普遍认为一般的突变只能部分解释群体中个体间突变,而“罕见”遗传突变则被认为对于分析表型突变具有重要意义。



在这篇文章中,研究人员就结合了家系分析方法,以及目前备受瞩目的全外显子测序方法,直接测序方法等,研发了一种识别突变的有效工具。成功运用这一方法的关键在于要明确,一个样品中只有很少家族是与一个连锁信号密切关联的,因此在寻找突变的时候可以有针对性的靶向少数家族。



研究人员就是利用这种方法发现了IRAS家族中ADIPOQ基因的一个罕见突变基因,脂联素(AdipoQ,Adiponectin)是一种血清蛋白,是仅由脂肪组织合成和分泌的,这种蛋白参与各种生理过程,如能量平衡和糖尿病。在这篇文章中,研究人员发现了一种罕见(1.1%)的ADIPOQ突变基因:G45R,并深入研究了这一突变相关的生理特征。



这一研究成果指出了一种可广泛用于家族分析,识别复杂形状新基因的新方法。



附:



Genome  Analyzer  IIx系统能够同时对数亿的序列进行测序,极大的扩展了基因组学,转录组学以及表观遗传组学等领域的研究分析能力,目前已广泛地应用于DNA测序,基因调控分析,转录组分析,SNP发现以及结构变异分析,细胞遗传学分析,DNA-蛋白相互作用分析(ChIP-Seq),甲基化分析,小RNA发现和分析等诸多领域。



(生物通:王蕾)
作者: 2011-1-21
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