来自美国宾州大学的研究人员发表了题为“Genome-wide structure and organization of eukaryotic pre-initiation complexes”的文章，报道了一种能用于绘制染色体解读和调控的蛋白图谱的新技术，这种技术能精确的指出其中关键蛋白的位置，以及其调控作用，相关成果公布在1月18日Nature杂志在线版上，同时这一研究组的其它成果也公布在了Cell杂志上。
领导这一研究的是宾州大学首席研究员B. Franklin Pugh教授，他的研究组一直致力于染色体相关图谱的构建，他们曾在2007年报道了首个核小体高清晰图谱，显示了控制核小体的特定关键基因的位点，以及这些位于DNA重要转录启动子位点的核小体，控制特定基因开启/关闭的机制。
众所周知，染色体是细胞内携带基因信息的重要构成元件，染色体上特异性蛋白与核小体的结合方式，将能决定是形成大脑细胞，还是肝脏细胞，抑或是
癌症细胞，十分重要。然而迄今为止，要想准确判断这些蛋白结合在染色体的什么位置，还十分困难。
在这些文章中，研究人员提出了一种新型的技术工具，利用这种工具，研究人员能准确了解这些蛋白的位置，并且这种方法还有可能在蛋白调控，或者未能调控整个基因组的时候，进行高分辨率拍摄，从而有助于科学家们解析这些关键的过程。
首先，研究人员采用了一种称为核酸外切酶的工具，来去除未有基因调控蛋白结合的DNA序列，然后他们分析每个保留下来的，能结合蛋白的DNA束，确定具体的核苷酸序列，Pugh教授说，“这种技术——称为ChIP-exo，优于其它技术之处在于其能将结合位点中上百万，上亿的基因组核苷酸，缩小到某个确定的核苷酸”，“这种进步就像是从低分辨率，240P的电视机，发展到了高清晰度，1080p的家庭影院系统，针对基因如何调控的这个问题，带来了空前的新感受。”
ChIP-exo技术还能去除检测系统中的大量背景，低背景技术能分析更多的结合位点，增加2-5倍，为某种蛋白如何调控基因的，提供更加完整的图谱，同时还能加大科学家们对于基因组中这些蛋白结构组织的作用，更广泛的理解。更复杂的图谱也有助于科学家了解正常人类发育，或者疾病发生过程中，基因途径的具体细节。
（生物通：张迪）
作者：
2012-1-23