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编者按：去年年底，来自北京大学的研究人员在世界上首次创建并发布了长非编码RNA疾病数据库( LncRNADisease)，这一数据库收录了160多种和长非编码RNA有关的疾病，并集成了一个生物信息学工具用以预测新的人类长非编码RNA和疾病的关系。
所谓长非编码RNA疾病，是指由于长非编码RNA异常而引发的各种疾病，其实关于非编码RNA在疾病发生、发展和防治中的作用已有大量文献报导，特别是siRNA、miRNA、和RNAi已经成为现代医学生理和病生理学的研究重点，但是关于长非编码RNA与疾病发病和防治之间关联的研究，还仅仅走出了第一步。
长非编码RNA疾病数据库( LncRNADisease)的创建对于探讨长非编码RNA与疾病的关系具有重要意义。
领导这一研究的是北京大学基础医学院医学信息学系崔庆华教授，崔博士回国后加入北京大学基础医学院医学信息学系，在5年多的生物信息学研究工作中，他的研究涉及到了生物标记物检测、基因芯片数据分析、基因组学、蛋白质组学以及系统生物学等领域。
崔庆华教授是国际上最早从事miRNA生物网络调控和miRNA /lncRNA与疾病关系生物信息学研究的学者之一，那么是什么吸引他关注并能长期执着于长非编码RNA疾病数据库创建这项研究？建立非编码RNA疾病数据库的最大价值与意义在哪里？目前又面临着怎样的挑战呢？
对话
：去年底，您领导的长非编码RNA疾病数据库( LncRNADisease) 的创建可谓意义重大，影响深远，收录了160多种和长非编码RNA有关的疾病，是国际上第一个长非编码RNA疾病数据库。在这之前， 您于2007年就创建了世界上第一个微小RNA(miRNA)疾病数据库， LncRNADisease这项研究成果在此基础上做出了哪些突破与改进？
崔庆华：相对于miRNA疾病数据库，LncRNADisease做出了对lncRNA和疾病的关系进行收集、整理、注释的改进。LncRNADisease在储存了人类的非编码RNA研究信息的同时，还收录了其他物种的相关信息。
另外，在这项数据库的创建过程中，序列、基因组位置等信息都被纳入我们的考虑范围中。
：您是国际上最早从事miRNA生物网络调控和miRNA /lncRNA 与疾病关系生物信息学研究的学者之一，是什么吸引您关注并能长期执着于长非编码RNA疾病数据库创建这项研究呢？
崔庆华：之所以长期关注该领域，是因为意识到了该领域研究不可忽略的重要性。随着人类基因组计划的初步完成，人们发现“能够编码蛋白质的基因只占全部基因组的2%左右”，而之后的ENCODE计划揭示了非编码RNA占据了剩下的98%人类基因组中的大量份额，非编码RNA在生物信息领域中扮演着越来越重要的角色，有关非编码RNA的研究也多次入选“世界科学十大进展”或“世界医学十大进展”。
但是，目前相对于蛋白质编码基因，人们对非编码RNA的了解十分有限。
非编码RNA对于人类来说，可谓是一个巨大的具有无穷潜力的未知领域。ENCODE计划也提及了对非编码RNA的预测与展望：“健康领域的非编码RNA研究将是未来的研究重点，是疾病预防、诊断与治疗等中心研究领域的又一分子。”
因此，本人实验室长期贯注于该方面的研究与探索。
：最初人们普遍认为lncRNA仅仅是基因的“转录噪声(transcriptional noise)”近几年有哪些发现可以证明lncRNA具有一定功能与价值？在您看来，lncRNA在癌症等疾病中的作用？
崔庆华：近来有大量研究证明lncRNA具有十分重要的功能，并且其行使功能的方式十分多样和复杂。这从lncRNA与其他分子的相互作用即可看出。
目前有很多研究报道lncRNA可以和蛋白质相互作用。如，lncRNA和组蛋白可以通过表观遗传影响基因调控，还能和转录因子结合影响基因调控，同时，lncRNA还能作为scaffold行使功能，募集多个蛋白构成复合体。
除了蛋白质，lncRNA还可以和RNA相互作用。作用RNA包括mRNA，lncRNA和miRNA等。
甚至，lncRNA能够入核直接和DNA相互作用，发挥转录因子的功能。
由此可见lncRNA的作用机制是复杂和多样化的，是生物分子网络的重要组成部分。
基于此，我们可以认为lncRNA在疾病中的作用也一定是复杂的和多样的，是理解疾病发生发展，疾病预防、诊断和治疗的潜在分子。
：建立长非编码RNA疾病数据库最大的价值与意义是什么？以及lncRNA研究目前面临的主要挑战是什么？(研究工具的问题等)
崔庆华：建立长非编码RNA疾病数据库，一方面为探索非编码RNA和疾病关系的相关研究人员提供一个信息平台，另一方面有助于生物信息学研究人员基于该数据库开发出更多更好的生物信息学工具，用于分析长非编码RNA和疾病关系。
我个人认为目前长非编码RNA的挑战有如下几点：
长非编码RNA系统识别与功能注释。人类的基因组中到底有多少lncRNA？它们的功能是什么？——这些目前仍在探索中；
长非编码RNA的分类。目前长非编码RNA的分类标准仅仅是根据核苷酸长度，这个标准比较粗糙，我们正在探索长非编码RNA的细分标准；
长非编码RNA的系统生物学，长非编码RNA和其他生物分子的关系，长非编码RNA网络等，这些都是我们目前正在面临的研究课题；
长非编码RNA和疾病的关系，长非编码RNA在疾病诊断、分型和治疗中具有的意义。
我个人认为在几万个(目前已发现数量)长非编码RNA的世界中，一定存在长非编码RNA中的P53， PTEN。这有待于我们去发现，去揭示。
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关于崔庆华
崔庆华于2005年在中国科学院自动化研究所取得博士学位，研究方向为生物信息学与系统生物学。他2005年-2007年在加拿大国家研究委员会生物技术研究所从事博士后研究，2007年加入北京大学医学部生物医学信息学系任副教授，2012年任教授。崔博士长期从事非编码RNA的生物信息学与系统生物学研究工作，是国际上最早从事miRNA生物网络调控(Cui et al.， MSB 2006)和miRNA (Lu et al.， PLoS ONE 2008)/lncRNA(Chen et al.， NAR 2013)与疾病关系生物信息学研究的学者之一。他以责任/第一作者身份共发表SCI论文25篇，总影响因子约125，其中影响因子大于10论文4篇，上述论文共获得SCI引用约700余次，其中两篇论文单篇SCI引用超100次(Cui et al. MSB 2006， SCI引用123次，Google Scholar引用193次；Lu et al. PLoS ONE 2008， SCI引用138次，Google Scholar引用230次)。
