2005年12月08日 中华检验医学杂志2004年 27卷 10期-649-652
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国内（天津）一项研究研制
肝癌多种相关基因芯片，进行肝癌组织中基因编码区单核苷酸多态性(cSNP)检测分析研究。
选取定位于肝癌高频缺失区的基因，经NCBI dbSNP数据库查询，获得基因cSNP序列，且根据多态位点设计寡核苷酸探针，制备成含25个肝癌相关基因的48个cSNP芯片。并对10例肝癌患者cSNP进行检测分析，而对7例患者的部分检测结果用聚合酶链反应-单链构象多态性法(PCR-SSCP)和测序进行验证。
结果显示，芯片检测的灵敏度为6×10-3 ng/μl，检测重复率高于95．83％，随探针浓度降低，杂交信号逐渐减弱。10份肝癌患者组织中，检测到半胱氨酸酶caspase9(rs2308941)C→T多态性和停泊蛋白DOK2(rs2242241)T→G各7份，表皮生长因子类似物EGFL3(rs947345)A→G多态性、caspase9(rs2308938)C→G多态性和磷酸甘油酸盐脱氢酶PHGDH(rs1801955)hA多态性各6份，启动子结合因子E2F2(rs3218170)G→A多态性5份，DNA切除修复糖基化酶MUTYH(rs1140507)T→C和胞内蛋白BNIP3L(rs1055806)G→T多态性4份，
肿瘤坏死因子家族成员TNFRSF1B(rs1061622)T→G多态性1份。经PCR-SSCP检测，7例肝癌患者有多态性单链迁移率改变。选取有caspase9(rs2308941G)与(rs2308941A)的样本分别连接pBS-T载体，转化DH-5α菌株，挑取的阳性克隆测序结果证实，该基因中有多态位点A的存在。
该研究成功制备了肝癌相关基因cSNP基因芯片，为肝癌多态性标记的检测奠定了基础。
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