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来自同济大学，Dana-Farber癌症研究所的研究人员发表了题为“Integrative genomic analyses reveal clinically relevant long noncoding RNAs in human cancer ”的文章，利用整合基因组数据分析方法，挖掘临床相关的癌症重要长非编码RNA，找到了两个重要的前列腺癌lncRNA基因，相关成果公布在Nature Structural & Molecular Biology杂志在线版上。
文章的第一单位归属同济大学，第一作者为同济大学生命科学与技术学院博士后杜舟，通讯作者分别为同济大学长江讲座教授刘小乐，哈佛大学的Myles Brown教授和Yiwen Chen。
我们体内的大多数DNA（约80%）并没有编码蛋白，不过它们会转录为RNA。这些非编码的RNA分子负责在细胞中实现多种功能，其中近年来人们又发现了一类长非编码RNA，这些RNA拥有两百个以上的核苷酸。长非编码RNA对细胞周期、细胞生长和细胞死亡等细胞过程具有调节作用。因此，这些调控分子与癌症进程有关也就不足为奇了。
在这篇文章中，研究人员通过对公共数据库中人类外显子芯片（Human Exon Array）的重注释和再分析，对lncRNA在癌症中的表达谱进行研究，并结合其它类型的数据，挖掘出在癌症中起作用的lncRNA和可能被用于癌症诊断的生物标签。他们结合各种组学数据，着重对前列腺癌进行了分析，找到了两个重要的lncRNA基因（分别命名为PCAN-R1和PCAN-R2），并通过实验手段验证了这两个lncRNA确实在前列腺癌中起到了调控癌细胞生长的作用。
这一方面揭示了lncRNA在癌细胞增殖中起到的重要调控作用，预测了相当数量在癌症中具有潜在功能的lncRNA，将有助于鉴定新的可用于诊断的生物标签及发现新的药物靶标；另一方面，此项目的研究人员综合运用生物信息学手段，对已有的公共数据进行收集、整合、分析，进而挖掘出癌症中具有调控功能的重要lncRNA，在方法学上具有前瞻性。
刘小乐研究组致力于癌症相关研究，他们曾发现了在雄激素抵抗性前列腺癌中表达增高的一种蛋白——EZH2的分子开关。研究人员在其他癌症中对阻断EZH2活性的几种药物进行了测试，他们的目的是用这些药物来阻断EZH2蛋白的基因抑制作用。结果，研究人员发现它们存在有害副作用风险。因此，他认为采用避免靶向其基因抑制功能的EZH2抑制剂，或许是治疗雄激素抵抗性前列腺癌的一种安全有效的策略。另外EZH2蛋白本身是通过一种称为PI3K的分子信号通路激活。当前有几种PI3K抑制剂正在开展临床实验。组合几种药物同时抑制这一信号通路和EZH2蛋白，或许是对抗这种抵抗性前列腺癌的另一条途径。
去年刘小乐研究组还与张勇博士等人合作，提供了关于如何安装MACS以及如何使用它来分析具有不同特征的三种常见类型ChiP-seq数据集的详细示教：序列特异性的转录因子FoxA1，带有窄富集的组蛋白修饰标记物H3K4me3和宽富集的H3K36me3标记物。研究人员还解释了如何注释和可视化MACS的分析结果。用这种算法分析包含3000万个读长的ChIP-seq数据集需要约3GB的RAM和1.5个小鼠的计算时间，这一预计随着序列的覆盖度增加。