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新型农村合作医疗制度自2003年试点以来，受到了广大农民群众的拥护和支持，同时也存在着一些亟待解决的问题。作为新农合工作的管理人员，我们感到要把这项造福于民的好事办好，必须面对新农合制度运行中的难题，探究解决之道。
农民参合积极性还需提高
前一阶段，一些试点地区存在着为追求参合率而夸大宣传的现象，加之不少乡、村干部把动员更多农民参合作为自己的政绩，本身对新农合政策一知半解，却把合作医疗宣传成可根治因病致贫的灵丹妙药，宣称不管看病花多少钱都按某个百分比例报销，而没有向参合群众说明住院期间的部分范围外诊疗费用不在补偿之列，还有一定的起付线等。而参合群众一旦出现补偿低于期望值，就会对这一制度产生抵触情绪，影响继续参合的积极性。
另外，部分农民健康投资、互助共济和意外风险观念淡薄；对新农合管理者不信任；对政策稳定性怀疑；对参加合作医疗的权利和义务了解不够。不少地方都出现过这样的现象：头一年因大病得到高额补偿的家庭下一年却不再参加合作医疗了，因为他们认为自己不会这么倒霉连续两年受到大病的“关照”。
筹集资金难管理成本大
参合资金的收取尚未形成规范化运作，大多数地方每年筹资时突击宣传，集中入户。这样的筹资模式使得筹资工作成本高，难度大。据不完全统计，将筹资过程中的宣传资料、人员培训、车辆、入户宣传、登记资料等合并计算，平原地区筹资成本人均1元，山区就更高了。为了实现参合农民家庭账户时报销，要开通门诊补偿网络，配备相关人员，加上门诊处方、收据、农合补偿单的成本，管理成本就相当个人账户资金的2％，定期交费，由社会团体、乡镇企业、其他经济实体和各级政府多方参与的资金筹集机制亟待建立。
就医补偿流程有待规范
目前由于各种原因，还不能做到让每名参合者都能全面获取相关知识。有些患者到出院时或出院后才想起自己的参合身份，致使治疗的目录外费用偏高。有的定点医院相关管理者和医护人员认为医生就是看病，不考虑某种药是不是在合作医疗用药的目录之内。还有的地方没有实行出院即报，致使补偿时限过长；一些地区没推行补偿金垫付制度，农民申请报销手续繁琐，舟车劳顿，且额外费用加大；个别地区对外伤等疾病采取回避的办法，针对器官移植、结核病、精神病、儿科病等病种的药品偏少，不利于解决参合患者的实际困难。我区农民郑友山去年进行了肾移植，住院花费了5万多元，器官移植的参合者最多能获得共计1.5万的补偿，加民政给的1万元补助，他还有近4万元的费用没有着落，家里为他治病，连房子都卖了。今后还要进行抗排异治疗。新农合可以探索人均交纳10～20元，由保险公司承办无第三方责任险的意外伤害补偿，减少管理成本，提高补偿水平，另外也可以探索人均交纳10元钱，将封顶线提高到5万或空开一个补偿段，适当提高封顶线到10万元，真正解决高额医疗费用支出患者的实际困难。简化补偿程序，提高补偿水平，是参合农民最大的心愿。
就医与监督管理不到位
监督管理的好坏是新农合能否取信于民，保障基金公平、安全的关键。目前的合作医疗管理模式多为管理机构挂靠在当地卫生局，各乡镇管理机构多设立在卫生院，管理部门既是裁判员又是运动员，“黑哨”现象难以避免；参合家庭身份核定难度大，如何有效杜绝冒名住院仍待探索；医疗机构过度医疗、过度检查以及保护性医疗的问题突出，监督不完善，致使一些参合患者的医疗费用比不参合者的费用高，影响到合作医疗资金的使用效率；不同级别的医院使用一个药品目录，不便于急危重病人的治疗；不同级别的医院之间转诊手续麻烦，参合患者自主选择高一级医院的随意性较大，未形成良好的双向转诊鼓励和制约机制。
管理软件待提升 信息需共享
新农合管理软件的开发者往往不从事业务流程的管理，具体经办人员又没有能力进行软件开发；参合人口的基础信息的采集、录入、印刷证件和修正信息的工作量大，出错率高，且发现错误后不能方便修改；软件的开放性和安全性不强；兼容性差，缺少资源共享的机制；致使网络投入大，利用率低；管理中报销后的数据监督多于在院数据监督。另外，政府各部门未能将信息共享，例如参合人口信息的采集，如果由派出所户籍科介入效果会更好。
新农合亟待明确法律地位
国家尚未把新农合纳入强制实施的法律范畴，容易受到政策变化、领导人变更、地方中心工作调整的影响；乡村医生在新农合工作中的地位和作用不明确，部分地区实行新农合没有将村卫生室纳入定点医疗机构，乡村医生利益受损，有些乡医就进行反面宣传，而管理部门又无惩治措施；农民、医疗机构和经办机构三方中某方权益受到侵害时缺乏投诉及仲裁机制；村级新农合管理人员不固定，政策和补偿公示不能落实到位，群众意见不能及时反馈上来；乡镇新农合经办机构人员编制，工资，经费保障难度很大，管理松散；一些地方政府的补助金存在拖欠的现象；一年一度交费，中途不增不退的管理体制，导致当年新生婴儿无法加入到新农合中来；一些人全家因外出打工加入了城镇职工医疗保险，但认为小病还是农合划算，又加入了合作医疗，存在双重补贴的现象。
经办人员素质参差不齐
目前新农合经办人员的来源很杂，多数地方依靠临时借调或兼职人员开展工作，有人无编或无人无编的问题普遍存在。随着合作医疗的推进，管理能力不足的问题日渐突出，一些新农合管理人员政策把握随意性大，存在损公肥私，优亲厚友现象。管理人员数量不足，流动性大；管理经费和日常经费不足，没有明确标准，随意性大，解决渠道不多；管理技术力量薄弱将是新农合政策运行中需要解决的关键环节。