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2007年7月10日，经最高人民法院核准，首任国家药品监督管理局局长、国家食品药品监督管理局局长郑筱萸以受贿罪、玩忽职守罪两罪并罚，被执行死刑。郑筱萸已经受到惩罚，但此案也从根本上反映了我国药品监督管理体制存在很多缺陷。
药品监督管理体制存在的缺陷
国家药品监督管理局的机构设置和职权划不存在职能“越位”与“缺位”的问题。一些服务和产品与政府社会职能无关、本应作为营利性市场主体存在的经营性机构存在于事业单位之中，并由政府组织。一般这些部门是在计划经济时遗留下来的机构，非公益性机构充斥在“事业单位”之中；二是存在市场化“过度”问题。本应作为政府机关管理的部门却按事业单位管理，如药监局药品审评中心，其作为药品注册管理的技术审评部门，决定它的工作性质主要是从事公益性服务，应该严格按照政府机关来管理，以避免其利用权力进行“寻租”活动。
药品行政审批是药品监督管理部门行使监管权力的重要方式，在我国的行政管理中，习惯使用审批权限对企业和个人的行为进行限制，概括起来就是“重审批，轻监督”。政府机构包办的太多、管的太多，在这种机制下，企业习惯于被政府部门监管，又想方设法研究如何逃避政府监管，致使许多法律、政策成为摆设，一种装饰品，无法得到有效执行。
2000年，国务院决定将原国家医药管理局行使的药品生产监管职能、卫生部行使的药政管理职能和国家中医药管理局行使的中药监管职能，集中交由新组建的国家食品药品监督管理局行使。时任局长的郑筱萸使用强硬措施推行药品生产的GMP(药品生产质量管理规范)认证制度，以及药品流通的GSP认证制度，凡在规定时间内不能达标的企业，一律淘汰。但是他的这些措施的初中并不是为了加强药品监督管理，而是为自己创造腐败的机会，最终因受贿、索贿和严重失职渎职罪被判死刑。
加强我国药品监督管理的对策建议
改革药品监督管理的组织机构和职权划分是首先应推行的。机构的设置是根据职权需要而设立，明确的职权划分对于药品监督管理体系的建立有重要的意义。目前我国药品管理职能部门分为三类：即行政管理、技术监测及中介机构。按管理学中职能的分类，我们进行对号入座，行政管理机构是直线部门，技术监测机构及中介组织应属于参谋部门，接受直线部门的委托进行质量检测及行业管理等，它们具有一定的独立性。
在当前事业单位改革的背景中，应该对药监局下属的14个事业单位加强管理，划归局统一管理，财政由中央直接管理，并实行公务员制度。这些单位有：局药品审评中心、局药品认证中心、局医疗器械产品审查注册中心等。
但现阶段考虑到财政、编制、技术人员职称等因素，这些单位可能仍作为药品监督管理局全额拨款的直属事业单位管理，其人员则实行准公务员管理制度。将来适当的时候还是应该实行公务员制度，进行严格管理。
根据郑筱萸一案的教训，进行药品行政审批制度的改革。需要该合理界定药品监督管理部门的行政审批范围。药品行政审批范围，直接关系药品监督部门职能和药监部门管理医药经济、社会事务方式的转变。与新形势下的药品监督管理体制改革密切相关。药品行政审批标准和范围的确定，应当在坚持促进医药资源市场化配置、保障国家和社会公共利益、精简和规范药品监督行政管理原则的前提下，通过药品监督行政手段进行有关社会公共安全和公共利益、秩序维护，以及涉及人身健康、生命财产安全的药品生产、销售等的事先控制。
作为一种事前的药品监管方式，药品行政审批意味着药品监督行政机关对审批事项的监督关口前移，从而其责任也应当相应前移。