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“凭医师处方销售和购买抗菌药”实行后将面临很多现实的问题。药品使用的特殊性让很多人对药品处于被动消费状态，在我国，大多数医师都隶属于医院，“以药养医”的体制让很多医院采取各项措施防止处方外流，病人很难拿到处方后再到社会零售药店购药。目前，合肥市零售药店的利润中，有20～30％来源于未列入非处方药的抗菌药，如果医疗机构垄断抗菌药的处方，势必导致零售药店利润的大幅下降。激战正酣的合肥药品零售企业下一步必须正视的问题是：如何解决“处方荒”？而新政策对消费者直接的影响是：7月1日以后，氟哌酸、阿莫西林这些以前“唾手可得”的药品要凭处方购买，这不仅让很多消费者感到不便，还会多花不少钱：比如腹泻，以往花上一两元钱在附近药店买点氟哌酸，通常很快就会痊愈。新规定实施后买氟哌酸要到医院花上几元钱排队挂号，而且在医院药房买药价格也普遍比药店要高。
国家有关部门出台“凭医师处方销售和购买抗菌药”的初衷是限制抗菌药的滥用，但这次的“紧箍咒”似乎念在零售药店的头上，对医院几乎没有什么制约手段。据统计，目前约有80％的抗菌药通过医院销售，抗菌药的使用在很大程度上取决于医师手中的那支笔，但由于种种原因，滥用抗菌药的现象在医院中大量存在。另外，如何鉴定处方的合法性也是摆在执法部门眼前的一道难题：消费者带来一张处方，药店如何确认开处方的人具有处方权？空白处方的获得相对容易，如何避免药店在卖了处方药后再在空白处方上“按销填写”？
安徽省食品药品监督管理局刘自林局长日前在接受记者采访时表示，7月1日以后，全安徽省食品药品监管部门在不折不扣执行抗菌类非处方药销售、购买政策的同时，将着力提高零售药店从业人员业务素质，发挥零售药店中药师作用，引导消费者不用或少用凭处方购买的抗菌药，介绍推荐中成药替代品种。同时配合有关部门加快医疗体制改革步伐，使医师处方能够在医院内外自由流动，在何处购药完全尊重消费者的意愿；配合相关部门加强对处方的监管，确保处方的合法性和合理性。