国家新一轮宏观调控，将钢铁、水泥、电解铝等几个行业作为过热发展行业加以控制，其中虽然没有医药行业，但医药行业的低水平重复建设久已有之，尽管国家采取了包括ＧＭＰ认证在内的措施淘汰了一些企业，可是一哄而上现象仍比比皆是，从而引发了诸如青霉素大战、ＶＣ大战，更为严重的是“药谷”建设已呈泛滥之势。
资料显示，杭州余杭的药谷３个基地５年总投资１００亿元；江苏无锡５个产业基地１０年总投资２００亿元；湖北葛店“中国药谷”投资４１亿元，全国药谷已超过１００个。药谷一般占地规模宏大，据了解，葛店“中国药谷”的规划面积是２６．５平方公里，目前已建成５．３４平方公里。多种原因造成了国内药谷的超生及先天不足。
一是概念炒作内涵浅。借用美国“硅谷”概念克隆的“药谷”之名，并没有明确的标准，药谷盲目上马，导致了概念贬值。一些地方为了加快招商引资，采用各种形式、营造各种概念对药谷进行宣传，因此在各种媒体上出现了“药谷”、“药都”、“生物医药基地”、“生命科技园”、“药港”、“生物谷”、“医药园”等各种名称，既泛且滥。
二是政府包办重复建设。国内大部分药谷都由政府一手操办，导致不顾市场需求的结构重复，如基因中心，上海有，北京也建，杭州又上。医药生物技术产业总体而言还是一个处于成长初期的产业，风险较大，部分企业一哄而上，盲目介入，导致明显的重复建设。
三是发展初期前途远。我国大部分药谷都是在２０００年以后建立的，建设时间短，大多处于发展初期，普遍存在产业规模小、技术创新能力弱、生物制药品种少、
中药产品重复多等问题，缺乏真正具有效益的产品。一般而言，药谷从开发建设到形成大规模的产业集群和完善的配套服务体系需要５至１０年的时间。
四是各自为战围城间。国内药谷在总体上缺乏国家层面的宏观
管理和布局规划，各药谷之间缺乏战略上的筹划和信息上的沟通，造成产业领域重叠、低水平竞争、资源争夺激烈等情况，而且国内也没有足够的人才支撑众多药谷的一拥而上。
五是环保缺失问题显。
医药企业要保持高速发展，必须有较大的环境容量；而基地建设要集中解决环保问题，才能使企业做到可持续发展。但是，药谷的环保问题一直没有得到很好解决，甚至愈演愈烈。药谷在造成水污染之外，还严重浪费水资源，加剧水的供需矛盾。我国虽然对新开项目建设有环保“三同时”的要求，即同时设计、同时建设、同时投产，但实施情况不好，而且在政策上还有不达标排放废水可以缴罚款，罚款可以进成本，罚款上缴后还可以申请用作环境治理投资，这是药谷带来集中污染的深层原因。
药谷建设成败的关键不是土地、资金，而是科研人才和园区管理。首先，研发能力是药谷的生命力所在。只有当企业而不是政府主导药谷，并且真正吸引优秀的有研发能力的大企业进驻，药谷才能取得大发展。其次，药谷的集聚效应对发展医药产业是一种很好的途径，目前要解决的问题是，既要保护地方政府的积极性，又要加强宏观引导，制定医药产业发展的总体规划。
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