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1、衬管起到保护色谱柱的作用，在分流/无分流进样时，不挥发的样品组分会滞留在衬管中而不进入色谱柱，这些污染物在衬管内积有一定量后，就会对分析产生直接的影响，例如：它会吸附样品组分而造成峰拖尾，甚至峰分裂，还会出现鬼峰，因此一定要保持衬管干净，注意及时清洁、更换。
2、衬管内表面活性点可能导致样品被吸附或分解，故要进行脱活处理，常用的方法是硅烷化，但在高温下工作时，硅烷化的有效期只有几天，因此在分析极性样品时，要注意及时更换衬管或重新硅烷化。
3、衬管中是否应填充填料，要依具体情况而定，一般填少量经硅烷经处理的石英玻璃，可防止注射器的作用，加速样品的汽化，还可避免颗粒物质堵塞色谱柱，样品中难挥发物含量高时，还可填充一些固体吸附剂或色谱固定相，以达到样品预分离的作用，但也同时增加了样品分解和吸附的可能性，故应依据实际情况而定。