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亲水性乙烯基树脂基质蛋白分离用色谱柱，除了可选用键合了离子交换基团的离子交换柱外，还可选用疏水反应、亲和等其他多种类型的柱子。
这些类型的色谱柱，其充填介质化学稳定性好，不易发生由于官能基脱落而导致样品组分洗脱位置变化的现象。尽管如此，由于柱子的反复使用，在长时间使用后，样品组分的洗脱情况还是会发生改变的。其原因与样品中极微量的附吸物在柱中的蓄积有关。特别由于生物样品组分复杂，这种吸附现象时有发生。（非特异性吸附）当观察到这样的现象后，应使用合适的溶剂将蓄积的吸附物质去除，以恢复柱子的性能。
1、0.1-0.2mol/L NaOH水溶液（ABA-5PW柱不适用）
测定状态下，用0.1-0.2mol/L的NaOH水溶液通过样品进样阀清洗数次（3-5回）。
2、20-40% 醋酸水溶液
与上述NaOH水溶液的清洗方法相同。
3、在淋洗液中添加水溶性有机溶剂（疏水性吸附物质的去除）
在淋洗液中添加甲醇、乙腈等水溶性有机溶剂（浓度《20%）进行过柱清洗。（注意盐的析出）
4、在淋洗液中添加尿素、中性界面活性剂（难溶性蛋白的去除）
在淋洗液中添加6-8mol/L的尿素或0.2-0.3%的中性界面活性剂（Triton、Tween、Brij等）后进行过柱清洗。但需注意尿素及界面活性剂的柱中残留。
通常情况下，使用方法1和2便可将吸附物质去除。如果方法1和2不能恢复柱效，则可使用方法3和4。注意，在附吸成分其吸附力极强时，即使进行过清洗，柱性能也有可能得不到恢复。