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神经氨酸酶抑制剂对所有类型的流感病毒（甲、乙和丙型）均有效。这类药物能阻止病毒颗粒的释放，切断病毒的扩散链，因而成为治疗流感的一类主流药物。该类抗病毒药包括扎那米韦和奥司他韦。
扎那米韦是一种吸入干粉剂，它可以通过吸入装置直接作用于呼吸道，而且被吸入后10秒钟之内就可以发挥药效。不过这种药的口服利用度低、吸收少。奥司他韦在口服30分钟后可被吸收。但随着奥司他韦被应用得越来越多，人们担心会出现耐药的流感病毒株。
早在1996~1999年，神经氨酸酶抑制剂在临床应用之前，研究人员对来自全球的1000株流感病毒（包括A型的H3N2、H1N1亚型以及B型）进行了药物敏感性检测。当时，并没有发现天然耐药株。
1999年，神经氨酸酶抑制剂敏感性监测网（NISN）建立，目的就是监测病毒耐药性的发生。到2006年，研究人员对来自全球5000株流感病毒的耐药监测发现，这些病毒对奥司他韦的耐药率不到1%。然而近两年，耐药率逐渐上升。目前，已有30个国家向WHO报告季节性甲型H1N1流感对奥司他韦耐药；其中，耐药性非常高的国家和地区包括加拿大、中国香港、日本、韩国、美国、德国和英国。
好在扎那米韦和奥司他韦的化学结构有所不同，因此，对奥司他韦耐药的病毒对扎那米韦仍然敏感，包括目前报道的３例对奥司他韦耐药的甲型H1N1流感病毒。
另一类治疗流感的主流药物——M2蛋白抑制剂，包括金刚烷胺、金刚乙胺。它们能阻止流感病毒进入人体细胞，是国内早期的主要抗流感药物。不过，它们只对甲型流感病毒有效，而且近几年，流感病毒对金刚烷胺和金刚乙胺快速地出现了耐药的现象。
此外，治疗流感的药物还包括利巴韦林、干扰素和中草药等其他种类。每种药物的特点都不同，而且有些药物还会伴随不同程度的副作用，所以，选择抗流感药物应慎重，切忌盲目用药。
目前，病毒突变产生耐药性已经给临床应用的抗病毒药物带来了巨大的挑战。加之这些药物作用范围窄，大多只作用一个病毒家族或密切相关的几个病毒，因此开发新型抗病毒药物成为应对突发性病毒感染的当务之急。