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1、西医内治：(1)制霉菌素内服和外用。内服，每次50万单位，每日4次。外用为栓剂，每栓为25万单位。(2)氟康唑，又名大氟康，一般口服1次，150mg即可生效，但是治愈后容易复发，值得注意。(3)伊曲康唑，又名斯皮仁诺，一般每服100mg，每日2次，连服10天为1疗程。(4)特比萘芬（疗霉舒）250毫克，每日1次口服，连用7天。
2、中医内治：中医认为生殖器念珠菌病是由于湿热在体内蕴结，加上外受毒邪所致。湿热是内因，而毒邪是外因，内因、外因相互作用使病情缠绵。日久湿热之邪必然要伤阴，出现阴伤、湿热阻滞的虚实夹杂的证候。中医治病特别注意不同的证候和不同的体质，给予不同的药物。一般讲，生殖器念珠菌病是以阴痒、白带增多为主要特征的一种疾病，故中医又称本病为带下病、阴痒病，临床上常根据白带的量、色、气味及全身状况予以辨证施治，一般分为湿毒蕴结和肝肾不足两型论治。
(1)湿毒蕴结:主要症状为带下量多，色黄白，如豆渣样，有臭味，或带下夹有血丝，阴部瘙痒，甚至红肿，溃烂，尿频、尿急、尿痛，大便不爽，舌苔白腻，脉滑。这是由于湿热之邪蕴结日久，致使生虫成毒。湿毒蕴结伤及阴部出现诸多症状。治疗宜清热除湿、解毒止痒。
方药：茯苓20g 猪苓10g 泽泻10g 车前子10g 茵陈10g 白鲜皮20g 鹤虱10g 蚤休30g 野菊花10g 白花蛇舌草30g
用法：每日一剂，水煎两次后混合药液，早晚分服。
方解：方中以茯苓、猪苓、泽泻、车前子、茵陈等清热除湿，白鲜皮、鹤虱杀虫止痒，蚤休、野菊花、白花蛇舌草清热解毒。如患者伴有尿频、尿急、尿痛等症状可加入木通10g，滑石20g。
(2)肝肾阴虚：主要表现为复发作，经久不愈者，白带淡白或淡黄，量少，偶有瘙痒，伴见心烦口渴，手心发热等。中医认为由于病程日久损伤肝肾，耗伤阴液，致使肝肾阴亏，治疗当以滋补肝肾，杀虫止痒，方以六味地黄汤加减：
方药:生地15g 山药15g 山芋肉20g 丹皮10g 丹参10g 蛇床子15g 泽泻10g 茯苓15g 白花蛇舌草30g
用法：每日一剂，水煎后混合药液，早晚分服。
3、外治法：(1)用2％苏打水冲洗阴道、外阴，每日1次，10次为1疗程。一般冲洗阴道后要放入阴道纳药。(2)制霉菌素粉剂、片剂、栓剂、软膏剂塞入阴道或涂于阴部，每次10～20万单位，每天1次，10～14天为1疗程。(3)克霉唑栓剂每次500mg纳入阴道，每日3～4次，连用2周。(4)1％龙胆紫水溶液涂擦阴道及外阴，每周3～4次，连用2周。(5)蛇床子、苦参各20g，煎汤外洗，每日2次，10天为1疗程。(6)木芙蓉100g，加水煎至100mL，用棉签蘸药液擦洗阴道，每日1次，7～10天为1疗程。(7)冰硼散加入少许甘油搅匀，清洗阴道后，用棉签将药粉涂于阴道内，早晚各1次。(8)黄连、青黛、牙硝各等份，共研细末，加入甘油，以棉签涂于外阴及阴道，早晚各1次。