２００６年，我国加强农业高技术研究，加快传统农业改造与升级，取得重要进展。以中国农业科学院棉花研究所为主培育成功的国产转基因抗虫棉种植面积已超过总面积的７５％。河北、山东、河南等棉花主产省的国产生物技术棉花种植率已达到１００％，棉花单产达到８０千克／亩，棉花总产量达６５０万吨，创历史新高。转基因技术与产业化快速发展，使我国已成为世界第五大转基因植物种植国家。
“十五”期间，围绕促进粮食丰产和农民增收、增加农业综合生产能力等重点任务，科技部在国家主体科技计划中安排了若干重大科技专项，并取得了突破进展。其中“粮食丰产科技工程”等项目在东北平原、华北平原和长江中下游平原的１２个粮食主产省建立试验示范区１．２亿亩，累计增产粮食５１６万吨。通过８６３计划、国家科技攻关计划等支持，我国在超级水稻育种理论与新品种选育、小麦细胞工程技术育种等方面取得重大突破，研究水平居国际领先，已审定新品种６５５个，累计推广面积超过１７．５亿亩，增产粮食６００亿公斤，实现农民增收１００多亿元。
与此同时，科技部还加强农村科技成果转化与推广，共实施国家级星火科技示范项目近２万项，覆盖了全国９０％以上的县（市），发展了２２７个国家级星火区域支柱产业和数以千计的地方支柱产业。
据介绍，“十一五”期间科技部将增加农村科技的投入，将工业领域和农社（农村与社会发展）领域的经费比例从原来的７∶３调整到５∶５，仅国家科技支撑计划农业领域“十一五”期间第一批项目就初步安排３０亿元，８６３计划拟投入１４亿元。
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