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家犬的起源和驯化一直是一个争议不断的科学问题。2015年Shannon等人经过分析大量的家犬群体全基因组DNA芯片数据提出了家犬中亚起源的假说（Shannon LM , et al. 2015. PNAS）。中国科学院院士、中国科学院昆明动物研究所研究员张亚平研究团队发现该结论与基于全基因组重测序数据分析的家犬东亚南部起源模式（Wang GD, et al. 2016. Cell Res）相冲突。为此，研究人员对Shannon等人的工作进行了重新梳理，结果发现Shannon等人把尼泊尔和蒙古都划归到中亚，与传统的地理划分相悖；其次，该工作中并没有包含中国南方这一家犬可能起源地的群体。通过整合已经发表的中国南方家犬群体的数据，分析结果显示中国南方的家犬群体拥有最小的连锁不平衡距离，支持中国南方而不是尼泊尔和蒙古是家犬的起源地。相关工作于近日在线发表于国际刊物PNAS，王国栋为第一作者，张亚平为通讯作者。该工作得到了牛津大学教授Greger Larson和Laurent Frantz博士的帮助。
家犬的线粒体DNA（mtDNA）在分子法医学研究中日益受到重视。2015年三个研究组分别基于线粒体DNA基因组序列构建了家犬mtDNA的单倍型类群树（Peng MS, et al. 2015. Mol Ecol Resour; Duleba A, et al. 2015. Forensic Sci Int Genet; Fregel R, et al. 2015. Mitochondrion）。由于采用了不同的参考序列和数据集，三棵单倍型类群树在世系命名上存在冲突，很可能对后续研究产生干扰。为此，张亚平研究团队和生命条形码南方中心开展了合作。研究人员对三棵单倍型类群树进行了详尽的比较分析，对存在的世系命名冲突进行了协调。通过整合新发表的线粒体DNA基因组数据，研究人员还将DomeTree中家犬和灰狼单倍型类群树进行了更新。相关工作发表于国际法医学刊物Forensic Science International: Genetics，宋娇娇（安徽大学联合培养硕士生）和王文智为共同第一作者，彭旻晟和张亚平为共同通讯作者。
以上工作得到了国家自然科学基金重大研究计划“微进化过程的多基因作用机制”集成项目、科技部“973”计划和中国科学院重大突破专项的支持。