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在精细化工和制药公司中，生物催化在药物中间体和活性药物成分（API）合成中的作用越发重要。这些公司正在和专业的生物催化公司与研发小组合作，来改善反应的立体选择性、提高产量并优化反应条件。
在多种反应中可以采用生物催化技术，例如脱氢酶、转氨酶、还原脱氨基酶能够催化不同的氨基酸和胺（图1）。酮还原酶可以被用于立体选择性酮还原反应，生产手性醇。酰胺酶和腈水解酶可以用于酰胺和腈的立体选择性水解反应。
图1：酶催化还原氨化反应生产非天然氨基酸
生物催化领域内的专家
一些大型制药公司对生物催化的兴趣也越来越大，并且正在和专业生物催化公司合作。2006年5月，德国先灵公司（将被整合到拜尔先灵制药公司）和德国生物技术研究和信息网络公司（BRAIN AG）签约，合作开发、优化生产类固醇药物中间体的微生物。最近，BRAIN AG公司还和德国Degussa AG公司合作，鉴定并提供乙醇脱氢酶，用于生产enantiopure alcohols。
德国Sandoz公司
它是瑞士Graz大学生物催化研究中心(RCAB)的一部分，研究手性化合物和生物活性分子的合成。Sandoz公司是RCAB内16个工业合作伙伴中的一个。德国BASF AG公司、荷兰DSM公司 、加拿大BioCatalytics公司 和Eucodis GmbH公司也是其中的成员。
最近，RCAB果胶杆菌carotovorum中克隆了一个新的高活性青霉素V酰基转移酶，青霉素酰基转移酶可以用于生产6-氨基青霉烷酸，它是青霉素半合成的中间体。将来，这个新的乙酰转移酶还可以进一步提高活性、pH适应性和稳定性，满足生产条件。
阿斯利康公司（伦敦）和默克公司（新泽西）
这两个公司正在和英国曼彻斯特大学都“优秀生物催化、生物转化和生物催化生产中心”（CoEBio3）合作。2006年早期CoEBio3开放，致力于精细化工、制药和生物聚合化学生产中的工业生物技术过程。CMOs和精细化工公司Dowpharma（密歇根州米德兰市）、Lonza (瑞士巴赛尔市), SAFC (圣路易斯, MO)、BASF和DSM都是这个中心的组成部分。
2006年早期，DSM公司和IEP GmbH 公司(Wiesbaden, Germany)合作，筛选、开发用于药物中间体和API生产的生物催化剂。DSM公司计划将自身的专业经验和IEP公司的酶技术相结合，扩展手性醇的生产规模，达到销售级别。IEP公司的生物还原技术可以用于手性醇的合成和修饰，例如手性环氧化物等。
IEP公司还正在将其生物处理技术授权给SK 能量和化学公司（SK Energy & Chemicals，新泽西），用于高级中间体和API手性产品的合成。SK 能量和化学公司的手性产品管线包括 (S)-2-tetrahydrofuroic acid和(R)-2-tetrahydrofuroic acid的酶法加工、生物生产手性醇。
默克公司和阿斯利康公司也和DSM公司、Degussa公司、Lonza公司一起参加了伦敦大学的生物转化-化学工程交互项目（Bioconversion-Chemistry Engineering Interface Program）。这些科学家都对在制药化学开发中整合生物催化技术感兴趣。研究包括对3步转化（形成炭-炭键产生酮、胺，随后产生氨基，接着选择性氧化）的催化方法和酶法进行对比评价。
诺华公司（瑞士）、罗氏公司（瑞士）和 Lonza 公司
这三个公司都是瑞士工业生物催化协会的成员。该协会的目标是满足日益增长的对工业生产用新菌株和酶的需求，还包括合成中间体、API的路线。该协会首先关注的问题是氧化还原酶、NADH依赖型脱氢酶（用于不对称还原酮、酮酸、烯烃）、单氧化酶、用醛缩酶和hydroxynitrile裂解酶形成不对称炭-炭键。
先灵葆雅公司 (Kenilworth, 新泽西)
2006年早期，该公司和Codexis公司（加州）进行了合作。Codexis公司开发了一种合成某种药物成分（未公布）的关键中间体的生物催化过程。2005年，Codexis公司还和百时美施贵宝公司（纽约）达成协议开发某种化合物（未公布）的生物催化路线。
其它公司
Ingenza公司（苏格兰）是2002年由爱丁堡大学化学院分离出来的一个公司。该公司致力于采用生物催化的方法生产高纯度的手性胺和氨基酸。
BioVerdant公司（加州圣地亚哥）由辉瑞公司的两个研究人员创建，分别是目前的CEO Kim Albizati先生和研发副总裁兼首席科学官Alex Tao先生。在辉瑞公司时，Albizat先生领导一个70人的化学研发小组。从1990年开始，他和Tao先生一起创建了制药工业中第一个在化学过程中使用酶生物转化方法的小组。Tao先生以前是辉瑞公司生物转化小组的领导和创建者之一。
还有Venkiteswaran Subramanian先生，以前是Dow Chemical公司（美国密歇根州）生物技术和生物过程全球研发主管，2005年是爱荷华大学（美国爱荷华州）生物催化和生物过程中心的指定主管。他以前的工作包括在已有化学技术中整合生物催化，用于药物和中间体的委托生产。